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biostar2009专家顾问 (正式写手)
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核苷酸质谱 已有1人参与
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搞生物的，理化基础太差，问几个问题： Nucleosides were separated by reverse phase ultra-performance liquid chromatography on a C18 column with online mass spectrometry detection using Agilent 6410 QQQ triple-quadruple LC mass spectrometer in positive electrospray ionization mode. The nucleosides were quantified using the nucleoside to base ion mass transitions of 282.1/ 150.1 (m6A), 268.1/136.1 (A), 244.1/112.1 (C), 284.1/152.1 (G), and 245.1/113.1 (U). Quantification was performed by comparison with the standard curve obtained from pure nucleoside standards running at the same batch of samples. The ratio of m6A to A was calculated based on the calculated concentrations 这段话大概表面意思我懂，一些具体问题 1，反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开？比如这里列的m6A，A，C，G，U？ 2，positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。 3，质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。 4，是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质？比如我的样品中，要是还有不是这5种的其他类型核苷酸，我能知道他是什么吗？ 比如以下这些类型的分子：  1.jpg  2.jpg  3.jpg  4.jpg |
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 分子生物学技术 |
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请问两个问题： 1，ESI离子化时，核苷的糖苷键一定会断裂么？ 2，断开之后，核苷的碱基部分有basic site，可以质子化，但核苷的核糖部分可以可以质子化形成pseudo molecular ion，得到MS peak？ 见附图 第一个图，是m6G的ESI-MS结果，图中显示m6G（MW 297.2）除了MH+的主峰外，还有BH2（166）的峰，表示在m6G在糖苷键发生了断裂。 第二个图，是一段核苷酸，m2^6Apm2^6pApCpCpUpGp（MW 1989.2），从插图的主峰放大的同位素小峰间隔0.5 Da【是这样算吧？】，得出这是一个z=2的离子，这个离子的m/z=995.68，正好就是这段核苷酸的完整分子量，加两个H，等于这个情况下的核苷酸并没有发生糖苷键断裂。 糖苷键断裂不断裂，是可以人为控制得么？ 第一个图中，核苷断裂之后，只看到碱基部分的峰，而核糖没有峰出现，可以理解为核糖没有basic site，无法质子化，是一个中性分子，最终丢掉了么？ 一直为搞生物的不懂理化而自惭形愧，一直试图改变这种面貌，无赖搞生物的确实是不同理化而难有进展，望赐教！  m7G.jpg  2m6Ap2m6ApApCpCpUpGp.jpg |
9楼2014-04-26 22:23:18
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positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。 答：正离子模式，意思是使样品得到一个质子，带上正电荷，生成准分子离子 |
2楼2014-04-25 14:30:24
wy19871124
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质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。 答：对于不同的结构会有不同的裂解方式，根据裂解方式来做以区分 |
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biostar20093楼2014-04-25 14:31:39
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