| 查看: 4356 | 回复: 10 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
biostar2009专家顾问 (正式写手)
|
[求助]
核苷酸质谱 已有1人参与
|
||||
|
搞生物的，理化基础太差，问几个问题： Nucleosides were separated by reverse phase ultra-performance liquid chromatography on a C18 column with online mass spectrometry detection using Agilent 6410 QQQ triple-quadruple LC mass spectrometer in positive electrospray ionization mode. The nucleosides were quantified using the nucleoside to base ion mass transitions of 282.1/ 150.1 (m6A), 268.1/136.1 (A), 244.1/112.1 (C), 284.1/152.1 (G), and 245.1/113.1 (U). Quantification was performed by comparison with the standard curve obtained from pure nucleoside standards running at the same batch of samples. The ratio of m6A to A was calculated based on the calculated concentrations 这段话大概表面意思我懂，一些具体问题 1，反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开？比如这里列的m6A，A，C，G，U？ 2，positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。 3，质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。 4，是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质？比如我的样品中，要是还有不是这5种的其他类型核苷酸，我能知道他是什么吗？ 比如以下这些类型的分子：  1.jpg  2.jpg  3.jpg  4.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生物学技术 |
» 猜你喜欢
听说今天filecode变了
已经有48人回复
-
FileCode能看出啥？
已经有17人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有6人回复
-
filecode
已经有9人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有23人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有13人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有6人回复
-
为什么网上很多人说本周 12号出结果
已经有5人回复
-
帮忙看看fileCode
已经有11人回复
-
基金中了
已经有15人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10415.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
|
请问两个问题： 1，ESI离子化时，核苷的糖苷键一定会断裂么？ 2，断开之后，核苷的碱基部分有basic site，可以质子化，但核苷的核糖部分可以可以质子化形成pseudo molecular ion，得到MS peak？ 见附图 第一个图，是m6G的ESI-MS结果，图中显示m6G（MW 297.2）除了MH+的主峰外，还有BH2（166）的峰，表示在m6G在糖苷键发生了断裂。 第二个图，是一段核苷酸，m2^6Apm2^6pApCpCpUpGp（MW 1989.2），从插图的主峰放大的同位素小峰间隔0.5 Da【是这样算吧？】，得出这是一个z=2的离子，这个离子的m/z=995.68，正好就是这段核苷酸的完整分子量，加两个H，等于这个情况下的核苷酸并没有发生糖苷键断裂。 糖苷键断裂不断裂，是可以人为控制得么？ 第一个图中，核苷断裂之后，只看到碱基部分的峰，而核糖没有峰出现，可以理解为核糖没有basic site，无法质子化，是一个中性分子，最终丢掉了么？ 一直为搞生物的不懂理化而自惭形愧，一直试图改变这种面貌，无赖搞生物的确实是不同理化而难有进展，望赐教！  m7G.jpg  2m6Ap2m6ApApCpCpUpGp.jpg |
9楼2014-04-26 22:23:18
wy19871124
新虫 (职业作家)
质谱首席顾问
- ACI: 2
- 应助: 551 (博士)
- 金币: 1607.6
- 散金: 959
- 红花: 183
- 帖子: 3052
- 在线: 447.4小时
- 虫号: 1593016
- 注册: 2012-01-31
- 性别: GG
- 专业: 质谱分析
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
biostar2009: 金币+20, ★有帮助, 迅速有效！ 2014-04-25 14:32:13
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 感谢热心帮助，理解中！ 2014-04-26 19:13:16
感谢参与，应助指数 +1
biostar2009: 金币+20, ★有帮助, 迅速有效！ 2014-04-25 14:32:13
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 感谢热心帮助，理解中！ 2014-04-26 19:13:16
|
positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。 答：正离子模式，意思是使样品得到一个质子，带上正电荷，生成准分子离子 |
2楼2014-04-25 14:30:24
wy19871124
新虫 (职业作家)
质谱首席顾问
- ACI: 2
- 应助: 551 (博士)
- 金币: 1607.6
- 散金: 959
- 红花: 183
- 帖子: 3052
- 在线: 447.4小时
- 虫号: 1593016
- 注册: 2012-01-31
- 性别: GG
- 专业: 质谱分析
【答案】应助回帖
|
质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。 答：对于不同的结构会有不同的裂解方式，根据裂解方式来做以区分 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
biostar20093楼2014-04-25 14:31:39
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10415.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
4楼2014-04-25 14:39:00
100