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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

[求助] 核苷酸质谱 已有1人参与

搞生物的,理化基础太差,问几个问题:
Nucleosides were separated by reverse phase ultra-performance liquid chromatography on a C18 column with online mass spectrometry detection using Agilent 6410 QQQ triple-quadruple LC mass spectrometer in positive electrospray ionization mode.
The nucleosides were quantified using the nucleoside to base ion mass transitions of  
282.1/ 150.1 (m6A), 268.1/136.1 (A), 244.1/112.1 (C), 284.1/152.1 (G), and 245.1/113.1 (U).
Quantification was performed by comparison with the standard curve obtained from pure nucleoside standards running at the same batch of samples. The ratio of m6A to A was calculated based on the calculated concentrations

这段话大概表面意思我懂,一些具体问题

1,反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开?比如这里列的m6A,A,C,G,U?

2,positive electrospray ionization mode这是个什么意思,通俗易懂一点。

3,质谱对同分异构体怎么区分?比如m6A,和m1A。

4,是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质?比如我的样品中,要是还有不是这5种的其他类型核苷酸,我能知道他是什么吗?

比如以下这些类型的分子:

核苷酸质谱
1.jpg


核苷酸质谱-1
2.jpg


核苷酸质谱-2
3.jpg


核苷酸质谱-3
4.jpg
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lzhwin

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 很给力! 2014-04-27 20:52:13
biostar2009: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-29 19:08:13
1,反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开?比如这里列的m6A,A,C,G,U?
可以分开

2,positive electrospray ionization mode这是个什么意思,通俗易懂一点。
正离子模式,质谱是检测质核比的仪器因此被检测的离子必须能带电,正离子模式就是让你的检测物带正电荷。

3,质谱对同分异构体怎么区分?比如m6A,和m1A。
同分异构体太宽泛了有的质谱能分开有的分不开,具体取决于分子在质谱中怎么碎裂,同分异构体之间能否产生不同的离子碎片,如果可以就能区分。一般的C18色谱柱可以区分结构不同的同分异构体以及顺反异构体,但是不能区分旋光异构体。

4,是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质?比如我的样品中,要是还有不是这5种的其他类型核苷酸,我能知道他是什么吗?
想检测你上面提到的那几种物质你必须要买那几种物质的对照品,根据对照品的色谱行为和质谱行为来建立你的检测方法,文献上的条件只能做个参考,照搬一定会悲剧。
质谱可以检测未知物,但是这是一个非常复杂的问题,几句话讲不清。简单回答就是对于楼主现在的情况来说你可以认为质谱不能检测未知物。
10楼2014-04-27 11:35:06
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wy19871124

新虫 (职业作家)

质谱首席顾问

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
biostar2009: 金币+20, 有帮助, 迅速有效! 2014-04-25 14:32:13
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 感谢热心帮助,理解中! 2014-04-26 19:13:16
positive electrospray ionization mode这是个什么意思,通俗易懂一点。
答:正离子模式,意思是使样品得到一个质子,带上正电荷,生成准分子离子
2楼2014-04-25 14:30:24
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wy19871124

新虫 (职业作家)

质谱首席顾问

【答案】应助回帖

质谱对同分异构体怎么区分?比如m6A,和m1A。
答:对于不同的结构会有不同的裂解方式,根据裂解方式来做以区分

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2014-04-25 14:31:39
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wy19871124 at 2014-04-25 14:31:39
质谱对同分异构体怎么区分?比如m6A,和m1A。
答:对于不同的结构会有不同的裂解方式,根据裂解方式来做以区分

核苷酸的结构贴上
质谱会把分子打碎这个我懂一点,
那么,m6A和m1A,比如,在HPLC中会有差异么?
还是说,m6A和m1A一起进入质谱仪,然后再打碎之后,从峰图判断是否存在同分异构体?
核苷酸质谱-4
1.jpg


核苷酸质谱-5
2.jpg

4楼2014-04-25 14:39:00
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