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yoyo单眼皮

铁虫 (小有名气)

[求助] 3‘RACE序列比对了居然是26S核糖体RNA基因 这是怎么回事 求指点 !!!!!万分感谢已有4人参与

应用CloneTech Smart RACE试剂盒做3’RACE 应用试剂盒的UPM引物基因特异性引物 退火58度 延伸2min

得到了750bp 和300bp 的条带 测序 结果都是26S核糖体RNA基因 ,不是我要的基因序列

请问我到底哪里出了错?
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by yoyo单眼皮 at 2014-05-08 18:53:53
序列里面没有 我的Linker!!!我真的不知道怎么回事 感觉你好厉害啊! 但是有我引物的序列 ,引物序列也不是完全匹配的。我也用我设计的一对特异性引物PCR 测序也是我要的基因,也就是说模板没问题 ,但是RACE 就 ...

那等于你的3’RACE全部失败
做RT的时候,有个oligod(T)-linker是吧?
一般情况下,为了避免非特异性,随后PCR的时候,是针对这个RT的linker再去设计一个3‘primer
如果你最终的克隆,只看到3’primer,连RT的linker都压根没有看见
说明是PCR时候的错配。
这跟你的检测引物能不能P出来关系不大,那只能说你的模板里面这个基因是表达的,但是不能保证你的模板里面这个基因的cDNA是完整的。
换上游引物,做巢式PCR。提高你PCR的特异性。
17楼2014-05-08 19:04:53
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-04-23 17:34:18
仔细分析你得到的序列,你找到了非模板A么?
看看这个:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7194592
2楼2014-04-23 16:01:45
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-04-23 17:34:23
race的假阳性问题很常见啊,没什么稀奇的,建议重新设计特异引物再试试

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-04-23 16:05:34
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yoyo单眼皮

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-23 16:01:45
仔细分析你得到的序列,你找到了非模板A么?
看看这个:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7194592

什么是非模板A?
4楼2014-04-23 16:34:30
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