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yoyo单眼皮

铁虫 (小有名气)

[求助] 3‘RACE序列比对了居然是26S核糖体RNA基因 这是怎么回事 求指点 !!!!!万分感谢已有4人参与

应用CloneTech Smart RACE试剂盒做3’RACE 应用试剂盒的UPM引物基因特异性引物 退火58度 延伸2min

得到了750bp 和300bp 的条带 测序 结果都是26S核糖体RNA基因 ,不是我要的基因序列

请问我到底哪里出了错?
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niil

金虫 (正式写手)

这个RACE试剂盒最后反转录出来的cDNA基本是不含有RNA基因的的,而你的则扩增出来RNA,可能有些问题。
1.确定你的总RNA样品是否有DNA污染。
2.分析一下你的测序的750bp和300bp片段两端的引物是什么?是不是单引物扩增产生的?
3.你的基因特异性引物设计的是否符合要求,一般基因特异性引物Tm值高于70℃才好,长度超过25bp。
4.建议采用touchdown PCR、巢式PCR和热启动保真Taq酶。成功率会很高。
Stop fighting,let it flow.
12楼2014-05-08 18:17:34
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-04-23 17:34:18
仔细分析你得到的序列,你找到了非模板A么?
看看这个:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7194592
2楼2014-04-23 16:01:45
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-04-23 17:34:23
race的假阳性问题很常见啊,没什么稀奇的,建议重新设计特异引物再试试

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-04-23 16:05:34
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yoyo单眼皮

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-23 16:01:45
仔细分析你得到的序列,你找到了非模板A么?
看看这个:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7194592

什么是非模板A?
4楼2014-04-23 16:34:30
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