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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xiuge4

新虫 (初入文坛)

[求助] checkcif有A级警告 已有2人参与

Alert level A
PLAT413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn     H10B   ..  H11A    ..       1.87 Ang.  
PLAT413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn     H10C   ..  H11B    ..       1.85 Ang

PLAT413

PLAT413 Type_2 Test for short non-bonding inter H..H contacts (involving XH3)
Short intermolecular H..H contacts may indicate incorrectly determined
structures (i.e. wrong symmetry, missed translation symmetry, wrong position
with reference to the symmetry elements, hydrogen atoms on atoms where there
should not be any  etc..). Short intermolecular contacts may be indicative
for inconsistent symmetry data (e.g. coordinates for space-group P43 and
symmetry specified as P41 or P21/n & P21/c confusions). Short contacts are
defined using a van der Waals radius of 1.2 Angstrom. Short H .. H contact
involving CH3 H-atoms are often hampered by the fact that they involve
H atoms at not optimal calculated positions.
Copyright © International Union of Crystallography
IUCr Webmaster



这个A级警告应该怎么解决啊?恳请各位指教,谢谢啦~
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xiuge4

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jackdeng at 2014-04-20 19:07:11
这两个A类错误说的是你氢原子加的有问题,导致了相邻的两个H之间的距离太小,需要重新加氢才能解决这个问题。

我重新加过H了,不过这个警告还是没有消除,也没有氢键,还有没有其它办法呢?
3楼2014-04-20 19:23:13
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这两个A类错误说的是你氢原子加的有问题,导致了相邻的两个H之间的距离太小,需要重新加氢才能解决这个问题。
2楼2014-04-20 19:07:11
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个问题是加氢错误,一般如果用理论加氢不行的话,我会选择多长出一些Q峰,从Q峰里面挑选,再用dfix命令挷定。
4楼2014-04-20 20:54:27
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