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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算表面时原子吸附的问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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零下1℃

铁虫 (正式写手)

[求助] 计算表面时原子吸附的问题 已有2人参与

LZ在使用VASP计算小原子在基体表面的吸附问题，一直不太明白吸附原子的坐标位置在POSCAR问价里面是怎么定义的？吸附的小原子与表面的原子坐标非常接近，具体怎样设置，请懂得友友不留赐教，谢谢。
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1楼 2014-04-17 09:40:21
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490105179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
零下1℃: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-04-18 09:20:11
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。 2014-04-21 22:38:19
吸附原子与基底的距离是他们正常键长的1.2～1.5倍，成键位置需要测试，找到最稳定的
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2楼2014-04-17 09:54:55
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零下1℃

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 490105179 at 2014-04-17 09:54:55
吸附原子与基底的距离是他们正常键长的1.2～1.5倍，成键位置需要测试，找到最稳定的

那请问在做松弛的时候，是X.Y.Z都松弛呢？还是默认原子垂直于表面，固定X,Y.只松弛z方向呢？
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3楼2014-04-17 10:12:55
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zique

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
零下1℃: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-04-18 09:20:25
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2014-04-21 22:38:38
做驰豫的时候，一般来说原子坐标的三个方向都需要驰豫
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4楼2014-04-17 10:50:16
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零下1℃

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zique at 2014-04-17 10:50:16
做驰豫的时候，一般来说原子坐标的三个方向都需要驰豫

那就是说我在设置坐标的时候，将X.Y和表面的某个原子设的一样。然后Z方向上距离偏离键长的1.2～1.5倍，然后进行松弛，是这样吗？谢谢
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5楼2014-04-17 10:58:46
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zique

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。 2014-04-21 22:38:54
引用回帖:
5楼: Originally posted by 零下1℃ at 2014-04-17 10:58:46
那就是说我在设置坐标的时候，将X.Y和表面的某个原子设的一样。然后Z方向上距离偏离键长的1.2～1.5倍，然后进行松弛，是这样吗？谢谢...

这样设置也可以，反正是初始结构，最终都是要被优化的。不过个人觉得在完全不清楚被吸附原子的位置的情况下随便猜个位置然后用vasp去优化的做法不太好，如果你有Materials Studio你可以用其中的Adsorption Locator模块找出被吸附原子的大致位置，然后在用vasp精确优化。
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6楼2014-04-17 11:08:30
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jcifzu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zique at 2014-04-17 11:08:30
这样设置也可以，反正是初始结构，最终都是要被优化的。不过个人觉得在完全不清楚被吸附原子的位置的情况下随便猜个位置然后用vasp去优化的做法不太好，如果你有Materials Studio你可以用其中的Adsorption Locator ...

请教的Adsorption Locator模块找出被吸附原子的大致位置，该怎么操作
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7楼2014-06-14 00:28:33
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