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chen_hui1984

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于amber分子动力学模拟过程中血红素的处理 已有1人参与

各位前辈,小弟最近要做细胞色素P450的分子动力学模拟,其中牵扯到血红素及铁原子的处理。不知道有没有再这方面有经验的前辈,能够指点在下。谢谢啦!
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

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chen_hui1984: 金币+8 2014-04-28 09:43:59
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-04-28 18:36:01
我最近也在做一个含有镧系金属核心的蛋白的模拟,你应该先把这个蛋白的电荷分布优化一下,用antechamber或者gauss都可以,关于Fe的参数,可以搜索一下别人有没有做过的文章,实际上还可以搜索一下关于叶绿素方面的,我一直以为血红蛋白和叶绿素有很多相似性。
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
2楼2014-04-28 01:23:43
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