24小时热门版块排行榜    

查看: 2848  |  回复: 10
当前主题已经存档。

zjfjirsm

金虫 (初入文坛)

[交流] 拓扑分析软件综合对比

结构拓扑分析已经在MOFs研究中盛行,多款拓扑分析软件也应用而生。看到网上也有了很多的介绍,但都比较分散。根据我个人的一些使用经验对它们做一综合的介绍:
1。Topos 4.0 (http://www.topos.ssu.samara.ru/)
   个人认为功能最强大,最完整的拓扑分析软件。该网站上附有详细的使用说明文件,简单易懂。该软件不仅针对穿插结构分析,并能给出完整的schlafli符号以及符合RCSR(http://rcsr.anu.edu.au) 的网络分类。更重要的是它对氢键网络的拓扑分析有独到之处。
2. Systre 1.0.0 (http://gavrog.org/)
   M. O'Keeffe推荐的软件,精致小巧,基于Java平台,网络分析前需要先编辑相关的结构信息。个人认为没有一定的结构化学基础比较难使用该软件。该软件能直接给出coordination sequence和网络类型,但是不能给出完整的schlafli符号。
3。OLEX (http://www.ccp14.ac.uk/ccp/web-mirrors/lcells/olex_index.htm)
   拓扑分析和绘图的上佳软件,能给出完整的schlafli符号,但是不能分析网络类型。个人认为该程序对高核簇合物的拓扑分析有其优势。
4。Diamond 2.0 & 3.0
   似乎不能将其归为拓扑分析软件,但其强大的绘图功能能很好的辅助理解拓扑分析。我经常利用上面几种软件来分析结构拓扑,而利用diamond软件来输出网络图形,相辅相成。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crystalsnet

新虫 (正式写手)

您的总结非常简洁,但是又很实用
没研究过Systre 1.0.0 ,下载下来研究一下,谢谢
2楼2008-03-03 08:34:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crystalsnet

新虫 (正式写手)

您给的网址无法进入

Systre 1.0.0 (http://gavrog.org/)
3楼2008-03-03 08:38:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjfjirsm

金虫 (初入文坛)

4楼2008-03-03 09:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemeuro

银虫 (正式写手)

olex比较容易学,但给不了已知的拓扑
topos功能强大,我不会
diamond做出的图比较漂亮
这两个月要好好学习下topos怎么用?
楼主能不能给点经验和建议或是教程?
5楼2008-03-03 11:16:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjfjirsm

金虫 (初入文坛)

topos的使用也很简单,你只需把有关interpenetration 的manual下载下来http://www.topos.ssu.samara.ru/Manuals/interpen_manual.pdf,然后按步骤仔细学习一遍,保证使用自如。
有一点需要注意,请使用做完xcif后输出的cif文件,因为topos需要检测到正确的空间群。
6楼2008-03-03 12:29:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
支持!!!!
7楼2008-03-03 23:59:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

celerya

木虫 (小有名气)

非常中肯,想给楼主加分都没有机会啊!
静かな夏/铁打的硬盘流水的冰/几多天真的理想/几多找到是颓丧
8楼2008-03-04 16:53:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lqpu

捐助贵宾 (小有名气)

很好,鼓励一下
9楼2008-03-19 19:50:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yhycwj

铜虫 (小有名气)

zjfjirsm:
        您好!请教您一个问题:已知一个拓扑结构的Schläfli symbol ,例如six-connecting 3D network Schläfli symbol 是4^12 6^3 ,怎样知道这类拓扑类型是不是新的?我在EPINET上没有找到查找的方法。请指教。谢谢
10楼2008-03-22 15:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zjfjirsm 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 8/400 2026-09-01 12:58 by ssyjh
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
请填处理意见