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zjfjirsm

金虫 (初入文坛)

[交流] 拓扑分析软件综合对比

结构拓扑分析已经在MOFs研究中盛行,多款拓扑分析软件也应用而生。看到网上也有了很多的介绍,但都比较分散。根据我个人的一些使用经验对它们做一综合的介绍:
1。Topos 4.0 (http://www.topos.ssu.samara.ru/)
   个人认为功能最强大,最完整的拓扑分析软件。该网站上附有详细的使用说明文件,简单易懂。该软件不仅针对穿插结构分析,并能给出完整的schlafli符号以及符合RCSR(http://rcsr.anu.edu.au) 的网络分类。更重要的是它对氢键网络的拓扑分析有独到之处。
2. Systre 1.0.0 (http://gavrog.org/)
   M. O'Keeffe推荐的软件,精致小巧,基于Java平台,网络分析前需要先编辑相关的结构信息。个人认为没有一定的结构化学基础比较难使用该软件。该软件能直接给出coordination sequence和网络类型,但是不能给出完整的schlafli符号。
3。OLEX (http://www.ccp14.ac.uk/ccp/web-mirrors/lcells/olex_index.htm)
   拓扑分析和绘图的上佳软件,能给出完整的schlafli符号,但是不能分析网络类型。个人认为该程序对高核簇合物的拓扑分析有其优势。
4。Diamond 2.0 & 3.0
   似乎不能将其归为拓扑分析软件,但其强大的绘图功能能很好的辅助理解拓扑分析。我经常利用上面几种软件来分析结构拓扑,而利用diamond软件来输出网络图形,相辅相成。
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

您的总结非常简洁,但是又很实用
没研究过Systre 1.0.0 ,下载下来研究一下,谢谢
2楼2008-03-03 08:34:21
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

您给的网址无法进入

Systre 1.0.0 (http://gavrog.org/)
3楼2008-03-03 08:38:30
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zjfjirsm

金虫 (初入文坛)

4楼2008-03-03 09:15:32
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chemeuro

银虫 (正式写手)

olex比较容易学,但给不了已知的拓扑
topos功能强大,我不会
diamond做出的图比较漂亮
这两个月要好好学习下topos怎么用?
楼主能不能给点经验和建议或是教程?
5楼2008-03-03 11:16:45
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zjfjirsm

金虫 (初入文坛)

topos的使用也很简单,你只需把有关interpenetration 的manual下载下来http://www.topos.ssu.samara.ru/Manuals/interpen_manual.pdf,然后按步骤仔细学习一遍,保证使用自如。
有一点需要注意,请使用做完xcif后输出的cif文件,因为topos需要检测到正确的空间群。
6楼2008-03-03 12:29:41
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支持!!!!
7楼2008-03-03 23:59:42
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celerya

木虫 (小有名气)

非常中肯,想给楼主加分都没有机会啊!
静かな夏/铁打的硬盘流水的冰/几多天真的理想/几多找到是颓丧
8楼2008-03-04 16:53:06
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lqpu

捐助贵宾 (小有名气)

很好,鼓励一下
9楼2008-03-19 19:50:57
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yhycwj

铜虫 (小有名气)

zjfjirsm:
        您好!请教您一个问题:已知一个拓扑结构的Schläfli symbol ,例如six-connecting 3D network Schläfli symbol 是4^12 6^3 ,怎样知道这类拓扑类型是不是新的?我在EPINET上没有找到查找的方法。请指教。谢谢
10楼2008-03-22 15:07:52
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