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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP模拟水环境
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xiangpitou

金虫 (小有名气)

[求助] VASP模拟水环境 已有1人参与

求助：最近想用VASP软件模拟水环境中O2在金属表面的吸附，第一步建模，是先根据体系大小要得到41个H2O分子的模型。看文献上说采用固体冰的模型，不大明白。想求助41个H2O分子的POSCAR怎么写啊？有相应cif文件吗？
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1楼 2014-04-08 15:11:45
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zique

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiangpitou: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 太感谢了啊~ 2014-04-11 09:10:29
如果你有materials studio和vesta软件，你可以参考下面的步骤建立POSCAR：
1，在MS中打开一个新的.xsd文件，并建立一个水分子
2，在工具栏中选Modules -> Amorphous cell -> construction; 在弹出的对话框中点add并把number改为41，再点construct
3，等待一会，生成的.xtd文件中就含有41个水分子了，接着你可以用切原子面的方法把它和你的金属表面拼接起来（此处有点简略，希望你明白我说的意思）
4，把建好的模型导出为.cif文件，用vesta打开，再导出为.vasp文件（它与POSCAR格式相同）。
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2楼2014-04-11 08:55:17
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xiangpitou

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zique at 2014-04-11 08:55:17
如果你有materials studio和vesta软件，你可以参考下面的步骤建立POSCAR：
1，在MS中打开一个新的.xsd文件，并建立一个水分子
2，在工具栏中选Modules -> Amorphous cell -> construction; 在弹出的对话框中 ...

太感谢了哦！再请教一下，切原子面方法怎么操作啊，比较菜，见笑了啊。再感谢一次啊！
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3楼2014-04-11 09:14:19
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zique

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiangpitou at 2014-04-11 09:14:19
太感谢了哦！再请教一下，切原子面方法怎么操作啊，比较菜，见笑了啊。再感谢一次啊！...

在MS中：
切原子面：Build -> Surfaces -> cleave surfaces，然后在弹出的对话框中设置哪个方向的原子面，以及原子面的厚度
拼接两个原子面为晶胞：Build -> Build layers， 在对话框中选择要拼接的两个原子面
先试试吧
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4楼2014-04-11 11:04:26
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xiangpitou

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zique at 2014-04-11 11:04:26
在MS中：
切原子面：Build -> Surfaces -> cleave surfaces，然后在弹出的对话框中设置哪个方向的原子面，以及原子面的厚度
拼接两个原子面为晶胞：Build -> Build layers， 在对话框中选择要拼接的两个 ...

嗯，好的。
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5楼2014-04-11 16:05:27
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行走的比目鱼

金虫 (小有名气)
感谢~
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6楼2014-07-17 16:47:04
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majun2011

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zique at 2014-04-11 08:55:17
如果你有materials studio和vesta软件，你可以参考下面的步骤建立POSCAR：
1，在MS中打开一个新的.xsd文件，并建立一个水分子
2，在工具栏中选Modules -> Amorphous cell -> construction; 在弹出的 ...

你好，我想问下，这个之后还需要跑分子动力学吗
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7楼2018-08-06 23:13:23
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