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xiangpitou

金虫 (小有名气)

[求助] VASP模拟水环境 已有1人参与

求助:最近想用VASP软件模拟水环境中O2在金属表面的吸附,第一步建模,是先根据体系大小要得到41个H2O分子的模型。看文献上说采用固体冰的模型,不大明白。想求助41个H2O分子的POSCAR怎么写啊?有相应cif文件吗?
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zique

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiangpitou: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 太感谢了啊~ 2014-04-11 09:10:29
如果你有materials studio和vesta软件,你可以参考下面的步骤建立POSCAR:
1,在MS中打开一个新的.xsd文件,并建立一个水分子
2,在工具栏中选Modules -> Amorphous cell -> construction; 在弹出的对话框中点add并把number改为41,再点construct
3,等待一会,生成的.xtd文件中就含有41个水分子了,接着你可以用切原子面的方法把它和你的金属表面拼接起来(此处有点简略,希望你明白我说的意思)
4,把建好的模型导出为.cif文件,用vesta打开,再导出为.vasp文件(它与POSCAR格式相同)。
2楼2014-04-11 08:55:17
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xiangpitou

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zique at 2014-04-11 08:55:17
如果你有materials studio和vesta软件,你可以参考下面的步骤建立POSCAR:
1,在MS中打开一个新的.xsd文件,并建立一个水分子
2,在工具栏中选Modules -> Amorphous cell -> construction; 在弹出的对话框中 ...

太感谢了哦!再请教一下,切原子面方法怎么操作啊,比较菜,见笑了啊。再感谢一次啊!
3楼2014-04-11 09:14:19
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zique

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xiangpitou at 2014-04-11 09:14:19
太感谢了哦!再请教一下,切原子面方法怎么操作啊,比较菜,见笑了啊。再感谢一次啊!...

在MS中:
切原子面:Build -> Surfaces -> cleave surfaces,然后在弹出的对话框中设置哪个方向的原子面,以及原子面的厚度
拼接两个原子面为晶胞:Build -> Build layers, 在对话框中选择要拼接的两个原子面
先试试吧
4楼2014-04-11 11:04:26
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xiangpitou

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zique at 2014-04-11 11:04:26
在MS中:
切原子面:Build -> Surfaces -> cleave surfaces,然后在弹出的对话框中设置哪个方向的原子面,以及原子面的厚度
拼接两个原子面为晶胞:Build -> Build layers, 在对话框中选择要拼接的两个 ...

嗯,好的。
5楼2014-04-11 16:05:27
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行走的比目鱼

金虫 (小有名气)

感谢~
6楼2014-07-17 16:47:04
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majun2011

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zique at 2014-04-11 08:55:17
如果你有materials studio和vesta软件,你可以参考下面的步骤建立POSCAR:
1,在MS中打开一个新的.xsd文件,并建立一个水分子
2,在工具栏中选Modules -> Amorphous cell -> construction; 在弹出的 ...

你好,我想问下,这个之后还需要跑分子动力学吗
7楼2018-08-06 23:13:23
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