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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 量化计算结果
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ddwy

木虫 (小有名气)

[求助] 量化计算结果已有1人参与

我做氨基酸结构优化，关键词设置为：
#P cam-b3lyp/aug-cc-pvdz Maxdisk=20GB opt=(Z-matrix, maxcycle=200)  freq=raman
   scf=(direct, tight) scfcyc=300 nosymm
出现这样的错误：
Error termination via Lnk1e in /public/software/g09/l716.exe at Thu Apr  3 18:36:56 2014.  
请问，有谁知道这样的错误怎么改正吗？
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我喜欢收集微笑没有原因……
1楼2014-04-03 20:38:46
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ddwy: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-08 08:54:58
gmy1990: 金币+1 2014-04-09 05:13:05
Error on Z-matrix card number   18
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.

这是错误原因，这一步的结构貌似有问题，所以
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed

建议你排查一下结构，或者用笛卡尔坐标
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4楼2014-04-04 09:18:34
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★ ★
gmy1990: 金币+2 2014-04-09 05:13:13
原子18的键角>180，这是不允许的。如果180对应高对称结构，就把这个角度固定在180，不能优化。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
5楼2014-04-04 09:28:11
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普通回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)
把输出文件最后10行的都贴出来
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2楼2014-04-04 08:13:29
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-04-04 08:13:29
把输出文件最后10行的都贴出来

Cartesian Forces:  Max     0.033266811 RMS     0.010627159
Error on Z-matrix card number   18
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed:
---------------------------------------------------------------------------------------------------
                            Z-MATRIX (ANGSTROMS AND DEGREES)
   CD    Cent   Atom    N1       Length/X        N2       Alpha/Y        N3        Beta/Z          J
---------------------------------------------------------------------------------------------------
      1      1  N
      2      2  H        1   0.999900(     1)
      3      3  H        1   0.999900(     2)      2  113.327(    26)
      4      4  H        1   1.000000(     3)      2  103.184(    27)      3  243.699(    50)      0
      5      5  C        1   1.507074(     4)      2  102.023(    28)      3  124.654(    51)      0
      6      6  H        5   1.092731(     5)      1  111.792(    29)      3  296.095(    52)      0
      7      7  C        5   1.520063(     6)      1  108.549(    30)      3  418.020(    53)      0
      8      8  H        7   1.099728(     7)      5  111.981(    31)      6   59.228(    54)      0
      9      9  H        7   1.096234(     8)      5  110.280(    32)      6  181.228(    55)      0
     10     10  H        7   1.095524(     9)      5  109.302(    33)      6  300.028(    56)      0
     11     11  C        5   1.550679(    10)      1  103.581(    34)      3  175.757(    57)      0
     12     12  O       11   1.268267(    11)      5  109.983(    35)      6  196.169(    58)      0
     13     13  O       11   1.241479(    12)      5  120.681(    36)      6   24.606(    59)      0
     14     14  N       13   2.994519(    13)     11   73.437(    37)     12   69.560(    60)      0
     15     15  H       14   0.999900(    14)     13   81.014(    38)     11   39.965(    61)      0
     16     16  H       14   1.000000(    15)     13   67.355(    39)     11  288.730(    62)      0
     17     17  H       14   0.999900(    16)     13   60.723(    40)     11  163.040(    63)      0
     18     18  C       14   1.497252(    17)     13  180.139(    41)     11  201.204(    64)      0
     19     19  H       18   1.097137(    18)     14  106.727(    42)     15   80.427(    65)      0
     20     20  C       18   1.510911(    19)     14  113.920(    43)     15  204.013(    66)      0
     21     21  H       20   1.097850(    20)     18  111.975(    44)     19   60.275(    67)      0
     22     22  H       20   1.097859(    21)     18  110.844(    45)     19  182.139(    68)      0
     23     23  H       20   1.093161(    22)     18  108.174(    46)     19  299.782(    69)      0
     24     24  C       18   1.572212(    23)     14  102.983(    47)     15  329.640(    70)      0
     25     25  O       24   1.281244(    24)     18  113.300(    48)     19  270.491(    71)      0
     26     26  O       24   1.217731(    25)     18  117.612(    49)     19   88.389(    72)      0
---------------------------------------------------------------------------------------------------
Error termination via Lnk1e in /public/software/g09/l716.exe at Thu Apr  3 18:36:56 2014.
Job cpu time:  3 days 11 hours 28 minutes 41.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    102 Int=      0 D2E=      0 Chk=      9 Scr=      1
谢谢你，上面是最后几行的信息，这些内容上面几行是关于Forces (Hartrees/Bohr)的信息
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3楼2014-04-04 08:50:26
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-04-04 09:18:34
Error on Z-matrix card number   18
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.

这是错误原因，这一步的结构貌似有问题，所以
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed

建议 ...

谢谢了
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6楼2014-04-08 08:53:14
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by beefly at 2014-04-04 09:28:11
原子18的键角>180，这是不允许的。如果180对应高对称结构，就把这个角度固定在180，不能优化。

谢谢
我还想问一下，我能不能用内坐标的形式把氨基酸的键长都进行冻结，只研究两分子氨基酸之间的相互作用？这样做有意义吗？
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7楼2014-04-08 08:54:42
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddwy at 2014-04-08 08:53:14
谢谢了...

我还想问一下，我能不能用内坐标的形式把氨基酸的键长都进行冻结，只研究两分子氨基酸之间的相互作用？这样做有意义吗？
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8楼2014-04-08 08:55:50
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-04-04 09:18:34
Error on Z-matrix card number   18
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.

这是错误原因，这一步的结构貌似有问题，所以
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed

建议 ...

你好，我重新冻结了所有分子的分子内键长，还是用内坐标，同样的设置关键词，但是结果还是出错

Cartesian Forces:  Max     0.143807193 RMS     0.033409470
Error on Z-matrix card number   17
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed:
---------------------------------------------------------------------------------------------------
                            Z-MATRIX (ANGSTROMS AND DEGREES)
   CD    Cent   Atom    N1       Length/X        N2       Alpha/Y        N3        Beta/Z          J
---------------------------------------------------------------------------------------------------
      1      1  N
      2      2  H        1   0.999900(     1)
      3      3  H        1   0.999900(     2)      2  108.084(    26)
      4      4  H        1   1.000000(     3)      2  104.961(    27)      3  236.884(    50)      0
      5      5  C        1   1.469900(     4)      2  100.157(    28)      3  120.151(    51)      0
      6      6  H        5   1.069900(     5)      1  108.454(    29)      3  262.084(    52)      0
      7      7  C        5   1.540000(     6)      1  111.062(    30)      3  387.079(    53)      0
      8      8  H        7   1.069900(     7)      5  110.961(    31)      6   57.514(    54)      0
      9      9  H        7   1.070000(     8)      5  110.775(    32)      6  179.754(    55)      0
     10     10  H        7   1.069900(     9)      5  107.936(    33)      6  298.455(    56)      0
     11     11  C        5   1.539900(    10)      1  100.120(    34)      3  149.834(    57)      0
     12     12  O       11   1.258400(    11)      5  115.639(    35)      6  218.923(    58)      0
     13     13  O       11   1.430000(    12)      5  114.994(    36)      6   25.479(    59)      0
     14     14  N       13   2.718108(    13)     11   80.550(    37)     12   57.082(    60)      0
     15     15  H       14   0.999900(    14)     13  100.968(    38)     11    3.887(    61)      0
     16     16  H       14   1.000000(    15)     13  109.723(    39)     11  242.183(    62)      0
     17     17  H       14   0.999900(    16)     13   -0.034(    40)     11  146.130(    63)      0
     18     18  C       14   1.469900(    17)     13  105.823(    41)     11  118.136(    64)      0
     19     19  H       18   1.069900(    18)     14  109.466(    42)     15  139.937(    65)      0
     20     20  C       18   1.540000(    19)     14  112.071(    43)     15  260.340(    66)      0
     21     21  H       20   1.070000(    20)     18  110.743(    44)     19   56.019(    67)      0
     22     22  H       20   1.069900(    21)     18  110.910(    45)     19  177.805(    68)      0
     23     23  H       20   1.070000(    22)     18  107.746(    46)     19  296.586(    69)      0
     24     24  C       18   1.540000(    23)     14  110.431(    47)     15  388.028(    70)      0
     25     25  O       24   1.258400(    24)     18  120.970(    48)     19  226.115(    71)      0
     26     26  O       24   1.429900(    25)     18  112.719(    49)     19   42.156(    72)      0
---------------------------------------------------------------------------------------------------
Error termination via Lnk1e in /public/software/g09/l716.exe at Tue Apr  8 19:26:27 2014.
Job cpu time:  4 days  6 hours 15 minutes 32.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    102 Int=      0 D2E=      0 Chk=      9 Scr=      1
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9楼2014-04-08 20:52:51
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ddwy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by beefly at 2014-04-04 09:28:11
原子18的键角>180，这是不允许的。如果180对应高对称结构，就把这个角度固定在180，不能优化。

你好，我重新冻结了所有分子的分子内键长，还是用内坐标，同样的设置关键词，但是结果还是出错

Cartesian Forces:  Max     0.143807193 RMS     0.033409470
Error on Z-matrix card number   17
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed:
---------------------------------------------------------------------------------------------------
                            Z-MATRIX (ANGSTROMS AND DEGREES)
   CD    Cent   Atom    N1       Length/X        N2       Alpha/Y        N3        Beta/Z          J
---------------------------------------------------------------------------------------------------
      1      1  N
      2      2  H        1   0.999900(     1)
      3      3  H        1   0.999900(     2)      2  108.084(    26)
      4      4  H        1   1.000000(     3)      2  104.961(    27)      3  236.884(    50)      0
      5      5  C        1   1.469900(     4)      2  100.157(    28)      3  120.151(    51)      0
      6      6  H        5   1.069900(     5)      1  108.454(    29)      3  262.084(    52)      0
      7      7  C        5   1.540000(     6)      1  111.062(    30)      3  387.079(    53)      0
      8      8  H        7   1.069900(     7)      5  110.961(    31)      6   57.514(    54)      0
      9      9  H        7   1.070000(     8)      5  110.775(    32)      6  179.754(    55)      0
     10     10  H        7   1.069900(     9)      5  107.936(    33)      6  298.455(    56)      0
     11     11  C        5   1.539900(    10)      1  100.120(    34)      3  149.834(    57)      0
     12     12  O       11   1.258400(    11)      5  115.639(    35)      6  218.923(    58)      0
     13     13  O       11   1.430000(    12)      5  114.994(    36)      6   25.479(    59)      0
     14     14  N       13   2.718108(    13)     11   80.550(    37)     12   57.082(    60)      0
     15     15  H       14   0.999900(    14)     13  100.968(    38)     11    3.887(    61)      0
     16     16  H       14   1.000000(    15)     13  109.723(    39)     11  242.183(    62)      0
     17     17  H       14   0.999900(    16)     13   -0.034(    40)     11  146.130(    63)      0
     18     18  C       14   1.469900(    17)     13  105.823(    41)     11  118.136(    64)      0
     19     19  H       18   1.069900(    18)     14  109.466(    42)     15  139.937(    65)      0
     20     20  C       18   1.540000(    19)     14  112.071(    43)     15  260.340(    66)      0
     21     21  H       20   1.070000(    20)     18  110.743(    44)     19   56.019(    67)      0
     22     22  H       20   1.069900(    21)     18  110.910(    45)     19  177.805(    68)      0
     23     23  H       20   1.070000(    22)     18  107.746(    46)     19  296.586(    69)      0
     24     24  C       18   1.540000(    23)     14  110.431(    47)     15  388.028(    70)      0
     25     25  O       24   1.258400(    24)     18  120.970(    48)     19  226.115(    71)      0
     26     26  O       24   1.429900(    25)     18  112.719(    49)     19   42.156(    72)      0
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Error termination via Lnk1e in /public/software/g09/l716.exe at Tue Apr  8 19:26:27 2014.
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请问是什么原因？
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我喜欢收集微笑没有原因……
10楼2014-04-08 20:53:12
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