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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps的并行计算出现bond atoms missing 的错误
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honghaier90

新虫 (小有名气)

[求助] lammps的并行计算出现bond atoms missing 的错误

最近在模拟中遇到这样一个问题：我的模型是将每个粒子用键连接起来，当把我的模型放到主节点上单机运算的时候，一点问题也没有；但是一旦将模型提交到集群里并行运算时候，就会出现bond atoms missing 的错误。请问有没有人遇到类似的问题，能给提供个解决的方法吗？
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1楼 2014-04-03 09:12:32
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gswylq

木虫 (正式写手)
请问你的问题是如何解决额？我也碰到了这个问题
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2楼2015-11-14 12:37:35
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zl22213665

新虫 (初入文坛)
我也遇到了这个问题 ， 有的模型就能多核运算，有的模型就会出现和楼主一模一样的问题，不知道 楼主有什么新发现吗
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3楼2017-11-22 21:53:55
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)
把neighbor list的bin size增加一些试试，或者comm_modify cutoff给一个值，如果还是不行，楼主可以检查一下初始构型是否合理
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4楼2017-11-23 11:00:40
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