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汕头大学海洋科学、生物学、生物与医药接受调剂
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honghaier90

新虫 (小有名气)

[求助] lammps的并行计算出现bond atoms missing 的错误

最近在模拟中遇到这样一个问题:我的模型是将每个粒子用键连接起来,当把我的模型放到主节点上单机运算的时候,一点问题也没有;但是一旦将模型提交到集群里并行运算时候,就会出现bond atoms missing 的错误。请问有没有人遇到类似的问题,能给提供个解决的方法吗?
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gswylq

木虫 (正式写手)

请问你的问题是如何解决额?我也碰到了这个问题
2楼2015-11-14 12:37:35
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zl22213665

新虫 (初入文坛)

我也遇到了这个问题 , 有的模型就能多核运算,有的模型就会出现和楼主一模一样的问题,不知道 楼主有什么新发现吗
3楼2017-11-22 21:53:55
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

把neighbor list的bin size增加一些试试,或者comm_modify cutoff给一个值,如果还是不行,楼主可以检查一下初始构型是否合理
4楼2017-11-23 11:00:40
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