24小时热门版块排行榜    

查看: 1487  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wuyoulang

新虫 (初入文坛)

[求助] MS用建立海水模型,总是会有水分子或者Na、Cl离子直接成键!!! 已有2人参与

如题,
1.自己建水晶格为3A的大小,放氯钠后build一下就成键了,位置难道只能自己一个个放好才能保证不成键么?
2.用AC模块建好的盒子放入400个水8个Na+和Cl-,能量最小化的时候会出现水分子间自己成键,比如一个水分子的HH连起来了。。。
3.我键的水分子模型键长键角都固定了,放到AC中建出来的用discover模块的minilmizer跑了800步之后。。键长键角都变得乱七八糟了。
希望有人能帮我解决。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuyoulang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by huachao90 at 2014-04-03 07:40:11
这种情况是会出现的,建议优化下,我之前也遇到过全解决了

是采取的把水某个位置放稀疏点然后再放离子吗?
5楼2014-04-03 10:25:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-04-07 09:46:08
wuyoulang: 金币+3 2014-04-07 22:49:49
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2014-04-02 19:59:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huachao90

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-07 09:46:16
wuyoulang: 金币+2 2014-04-07 22:49:56
本帖内容被屏蔽

3楼2014-04-03 07:40:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuyoulang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-04-02 19:59:44
H2O照理是不会乱的 最好是设置好水的模型,比较常用的是TIP3P模型
Na+与Cl-之间相互吸引也是合理的

额,我自己用超胞建立水分子的时候,然后把cl ,na离子复制过来,水的晶格还存在 。如果不再重新建晶格就没事,重新建晶格就成键了。有人说不用rebuild crystal可以直接能量最小化,这个有影响么?
4楼2014-04-03 10:23:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[基金申请] 让我中一个面上吧! +12 大萍1987 2026-08-20 14/700 2026-08-23 10:30 by wrm
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 10/500 2026-08-23 07:17 by OEbVnUOu01ol
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见