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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS用建立海水模型，总是会有水分子或者Na、Cl离子直接成键！！！
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wuyoulang

新虫 (初入文坛)

[求助] MS用建立海水模型，总是会有水分子或者Na、Cl离子直接成键！！！ 已有2人参与

如题，
1.自己建水晶格为3A的大小，放氯钠后build一下就成键了，位置难道只能自己一个个放好才能保证不成键么？
2.用AC模块建好的盒子放入400个水8个Na+和Cl-，能量最小化的时候会出现水分子间自己成键，比如一个水分子的HH连起来了。。。
3.我键的水分子模型键长键角都固定了，放到AC中建出来的用discover模块的minilmizer跑了800步之后。。键长键角都变得乱七八糟了。
希望有人能帮我解决。
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1楼 2014-04-01 14:56:11
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-07 09:46:08
wuyoulang: 金币+3 2014-04-07 22:49:49
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CQU_wjq
2楼2014-04-02 19:59:44
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-07 09:46:16
wuyoulang: 金币+2 2014-04-07 22:49:56
本帖内容被屏蔽
3楼2014-04-03 07:40:11
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wuyoulang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-04-02 19:59:44
H2O照理是不会乱的 最好是设置好水的模型，比较常用的是TIP3P模型
Na+与Cl-之间相互吸引也是合理的

额，我自己用超胞建立水分子的时候，然后把cl ，na离子复制过来，水的晶格还存在 。如果不再重新建晶格就没事，重新建晶格就成键了。有人说不用rebuild crystal可以直接能量最小化，这个有影响么？
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4楼2014-04-03 10:23:47
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wuyoulang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huachao90 at 2014-04-03 07:40:11
这种情况是会出现的，建议优化下，我之前也遇到过全解决了

是采取的把水某个位置放稀疏点然后再放离子吗？
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5楼2014-04-03 10:25:06
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-04-02 19:59:44
H2O照理是不会乱的 最好是设置好水的模型，比较常用的是TIP3P模型
Na+与Cl-之间相互吸引也是合理的

请问在MS中怎么设置水的TIP3P模型，原谅我的低级问题
赞一下 回复此楼
逆风奔跑。
6楼2014-07-09 23:38:01
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huachao90

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
7楼2014-07-10 01:18:34
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