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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » CIF有B类错误，求帮忙修改
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forever1706

禁虫 (知名作家)
引用回帖:
10楼: Originally posted by p452_1 at 2014-03-28 19:27:01
晶体如果是你自己测的，当然你可以设置最合适的分表率。如果是别人测的，你解析结构，XPREP后会产生prp文件，可以查看prp文件，可以看到衍射数据的分表率以及对应的数据完整度、重复度以及Rint值等。...

谢谢细心回复。
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11楼2014-03-29 17:53:01
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forever1706

禁虫 (知名作家)
引用回帖:
10楼: Originally posted by p452_1 at 2014-03-28 19:27:01
晶体如果是你自己测的，当然你可以设置最合适的分表率。如果是别人测的，你解析结构，XPREP后会产生prp文件，可以查看prp文件，可以看到衍射数据的分表率以及对应的数据完整度、重复度以及Rint值等。...

既然您是行家， 我就继续问了，这个分辨率在cif中体现在什么地方，键长的精度？它可能会影响到checkcif的哪些问题。刚看一个我解过的数据，在prp文件接近末尾的位置找到  lowest resolution = 16.16 Angstroms。

这个晶体质量还不错，checkcif的时候有G类错误：

PLAT005_ALERT_5_G No _iucr_refine_instructions_details in the CIF Please Do !
PLAT232_ALERT_2_G Hirshfeld Test Diff (M-X) Co1 -- S1 .. 8.5 su
PLAT764_ALERT_4_G Overcomplete CIF Bond List Detected (Rep/Expd) . 1.16 Ratio

其中第二个Hirshfeld错误有挺多，都是金属跟相关的键。
这个Hirshfeld是什么原因引起的，好像经常遇到，有时候会到C类甚至B类。怎么解决呢？
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12楼2014-03-29 18:03:56
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
12楼: Originally posted by forever1706 at 2014-03-29 18:03:56
既然您是行家， 我就继续问了，这个分辨率在cif中体现在什么地方，键长的精度？它可能会影响到checkcif的哪些问题。刚看一个我解过的数据，在prp文件接近末尾的位置找到  lowest resolution = 16.16 Angstroms。
...

首先声明我不是行家，很多相关的知识和术语还不懂。
我觉得分辨率在cif文件中写在文件的下方。比如_diffrn_reflns_theta_full        25.00，相当于分辨率为0.84埃。
这个分辨率个人觉得会影响到Rint值，通过改变分辨率可以改变数据的完整度。比如数据完整度太低在checkcif时候出现A类问题，就需要把分辨率提到0.84（可发表文章的极限），再精修看是否会把数据完整度提高提高（当然看prp文件应该心里就清楚）。
你的这个结构数据质量很好。checkcif的G类一般不是错误，仅仅是某些信息提醒，你完全可以忽略他们。
第二个问题，Hirshfeld test diff我也不太清楚，主要是以前没太注意。看到有文献把这个问题归结于吸收矫正没有做好：This is due to the empirical multi-scan absorption correction. 所以我想就是只好在数据还原以后重新做吸收矫正，改变一些参数，看看结果会否变好。由于不是专家，这个好的结果可能需要摸索很多次才能够得到。
以上讨论仅仅是个人之见，欢迎你提出不同意见，来深化专业讨论。
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老歪博
13楼2014-03-29 20:39:51
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forever1706

禁虫 (知名作家)
引用回帖:
13楼: Originally posted by p452_1 at 2014-03-29 20:39:51
首先声明我不是行家，很多相关的知识和术语还不懂。
我觉得分辨率在cif文件中写在文件的下方。比如_diffrn_reflns_theta_full        25.00，相当于分辨率为0.84埃。
这个分辨率个人觉得会影响到Rint值，通过改变 ...

其实我也测过，但是对其中的原理知之甚少，比如为什么_diffrn_reflns_theta_full        25.00，相当于分辨率为0.84埃。我的那个数据在prp文件中找到的是lowest resolution = 16.16 Angstroms，而在cif中对应的_diffrn_reflns_theta_full              28.56 ，问题是16.16和0.84这两个分辨率完全不搭边。
关于吸收校正，我也不懂，是在数据还原的那步做吗？ 您说的一个事让我想起来了，我有一个数据，本来一直角度不够，才23度的样子，后来负责数据收集和还原的老师通过改分辨率把这个角度提高了，我理解是把分辨率提高，本来的弱点都当成噪音，所以高角度没点，这样改分辨率之后，那些弱点也都算衍射点了，但是损失了一点R值，不过还好那个质量也过得去，修完后就没有AB类错误了。

这个Hirshfeld test diff我经常遇到，以前有时候是B类都没去管，投文章也就那么过了。真心不懂怎么彻底明白这个问题的原因和对策。

总之，谢谢你的耐心回复和不吝赐教。
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14楼2014-03-30 00:29:41
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