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cham208

木虫 (正式写手)

[求助] CIF有B类错误,求帮忙修改 已有1人参与

很早前的一个晶体,最近投稿审稿人说有B类错误,请高手帮忙修改,不胜感激!
可发我邮箱:fxdmlzm@163.com

错误如下:
PLAT029_ALERT_3_B   _diffrn_measured_fraction_theta_full Low ....... 0.959 Note
PLAT222_ALERT_3_B   Large Non-Solvent H Uiso(max)/Uiso(min) .. 8.8 Ratio
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  • 2014-03-27 10:43:44, 649.27 K

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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
12楼: Originally posted by forever1706 at 2014-03-29 18:03:56
既然您是行家, 我就继续问了,这个分辨率在cif中体现在什么地方,键长的精度?它可能会影响到checkcif的哪些问题。刚看一个我解过的数据,在prp文件接近末尾的位置找到  lowest resolution = 16.16 Angstroms。
...

首先声明我不是行家,很多相关的知识和术语还不懂。
我觉得分辨率在cif文件中写在文件的下方。比如_diffrn_reflns_theta_full        25.00,相当于分辨率为0.84埃。
这个分辨率个人觉得会影响到Rint值,通过改变分辨率可以改变数据的完整度。比如数据完整度太低在checkcif时候出现A类问题,就需要把分辨率提到0.84(可发表文章的极限),再精修看是否会把数据完整度提高提高(当然看prp文件应该心里就清楚)。
你的这个结构数据质量很好。checkcif的G类一般不是错误,仅仅是某些信息提醒,你完全可以忽略他们。
第二个问题,Hirshfeld test diff我也不太清楚,主要是以前没太注意。看到有文献把这个问题归结于吸收矫正没有做好:This is due to the empirical multi-scan absorption correction. 所以我想就是只好在数据还原以后重新做吸收矫正,改变一些参数,看看结果会否变好。由于不是专家,这个好的结果可能需要摸索很多次才能够得到。
以上讨论仅仅是个人之见,欢迎你提出不同意见,来深化专业讨论。
老歪博
13楼2014-03-29 20:39:51
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)

少一个hkl文件,没有办法精修。估计是需要使用omit -3 50.2命令,Non-Solvent H Uiso(max)/Uiso(min) .. 8.8 Ratio可能是有氢原子需要dfix
2楼2014-03-27 16:16:31
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cham208

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ljmmarise at 2014-03-27 16:16:31
少一个hkl文件,没有办法精修。估计是需要使用omit -3 50.2命令,Non-Solvent H Uiso(max)/Uiso(min) .. 8.8 Ratio可能是有氢原子需要dfix

我找不到hkl文件了,还有其它办法吗?多谢
3楼2014-03-27 16:42:04
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
cham208: 金币+50, 有帮助 2014-03-27 19:38:53
需要找到数据文件hkl文件和fcf文件等,在ins文件中加入适当的命令,进行精修。有可能去掉这2个B类问题。
老歪博
4楼2014-03-27 18:32:03
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