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zyl623008624

金虫 (正式写手)

[求助] 基质金属蛋白酶MMP-2的酶切位点或序列 已有2人参与

如题:哪位大神能查到基质金属蛋白酶MMP-2的酶切位点或序列,不是那种短肽的
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zyl623008624

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-03-27 10:04:53
简单的列一下如下,包括,限制酶切图,酶切频率
Restriction Enzyme Map:

1       ACATCTGGCGGCTGCCCTCCCTTGTTTCCGCTGCATCCAGACTTCCTCAGGCGGTGGCTGGAGGCTGCGCATCTGGGGCT   80
1       TGTAGACCGCCGACGGGAGGGAA ...

抱歉啊,我要的不是碱基的位点,是蛋白酶切蛋白质的位点
5楼2014-03-27 10:31:43
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youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zyl623008624: 金币+5, 有帮助 2014-03-31 10:48:48
我把该基因序列和酶切位点上传到了网盘,你下载下来看一下(页数很多,因为该基因有25k左右,很大)
http://pan.baidu.com/s/1kTK9ZyZ

授之以鱼不如授之以渔,下面是具体方法,希望对你有帮助
你在ncbi上搜索MMP-2
然后找到序列
把序列输入到bioedit上,直接就生成了所有酶切位点。
天行健
2楼2014-03-26 16:50:31
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youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zyl623008624: 金币+5, 有帮助 2014-03-31 10:48:59
简单的列一下如下,包括,限制酶切图,酶切频率
Restriction Enzyme Map:

1       ACATCTGGCGGCTGCCCTCCCTTGTTTCCGCTGCATCCAGACTTCCTCAGGCGGTGGCTGGAGGCTGCGCATCTGGGGCT   80
1       TGTAGACCGCCGACGGGAGGGAACAAAGGCGACGTAGGTCTGAAGGAGTCCGCCACCGACCTCCGACGCGTAGACCCCGA   80
                         BbvI      MnlI    BstF5I    SfaNI     BbvI     BspCNI    FspI    MwoI   
                             FokI       MspA1I           Bsu36I   MnlI   BseMII           HpyF10VI   
                                              Hpy188III          MnlI                    SfaNI   
                                                                                        BpmI   
                                                                                        Eco57MI   


Enzyme    Recognition                   frequency  Positions
__________________________________________________________________________
AarI      CACCTGCnnnn'nnnn_             5          9289, 9596, 17883, 20267, 22078
AccI      GT'mk_AC                      14         2006, 3161, 5246, 5457, 5512
                                                   5658, 5878, 5937, 7637, 10893
                                                   14335, 14637, 17214, 17854
Enzymes that cut five or fewer times

Enzyme    Recognition                   frequency  Positions
__________________________________________________________________________
AarI      CACCTGCnnnn'nnnn_             5          9289, 9596, 17883, 20267, 22078
Acc65I    G'GTAC_C                      1          19164
AfeI      AGC'GCT                       3          306, 2169, 13024
AflII     C'TTAA_G                      4          2532, 13250, 23176, 25881
AgeI      A'CCGG_T                      2          9546, 14123
AhdI      GACnn_n'nnGTC                 4          2245, 3496, 16624, 17131

Enzymes that do not cut:
_________________________________________________________
AatII, AclI, AscI, AsiSI, BcgI, BcgI, BsiWI, ClaI, FseI, NotI, PmeI, PvuI, RsrII
SalI, SfiI, SgrAI, SnaBI, SrfI, ZraI
天行健
3楼2014-03-27 10:04:53
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zyl623008624

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-03-26 16:50:31
我把该基因序列和酶切位点上传到了网盘,你下载下来看一下(页数很多,因为该基因有25k左右,很大)
http://pan.baidu.com/s/1kTK9ZyZ

授之以鱼不如授之以渔,下面是具体方法,希望对你有帮助
你在ncbi上搜索M ...

很不错,但是我要的不是碱基的酶切位点,是这种蛋白酶切其他蛋白质时(如5型胶原)蛋白质的位点,还是很恩感谢
4楼2014-03-27 10:30:56
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