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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 第一性原理计算软件开发
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wopyhj

新虫 (初入文坛)

[交流] 第一性原理计算软件开发 已有5人参与

大规模并行第一性原理计算软件开发！走起！
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chuanghua304

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计算软件架构师；计算软件开发工程师；c/c++; Linux；第一性原理；分子动力学
1楼 2014-03-23 15:10:19
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wenjlu

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我们已筹划了多时了，目前正在准备开发，有机会合作啊。
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2楼2014-03-23 18:28:19
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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13楼: Originally posted by wopyhj at 2014-03-29 19:00:05
From google: From my 15 years of thinking about scientific software: If your code runs 25% faster because you write it in Fortran, but it takes you 4 times as long to write it (no STL, difficulty im ...

程序运行快慢和编译器优化能力有关。若说到和语言的关系，fortran语法简单，可能更利于编译器优化。

有关用fortran开发时间长短的，楼主可以试下用C++写下这个例子：

科学计算涉及设定参数默认值及从输入文件中读取设定的值。设某程序运行共需要bar_1到bar_7 7个参数，这7个参数中，bar_1到bar_3为整型，bar_4到bar_5为浮点型，bar_6和bar_7为字符串。编写一程序，要求在程序开始为bar_1 - bar_10设定好默认值，然后读取input.in，若input.in中给出了某参数的设定值，则读取设定值；否则保持默认值。input.in中各参数可以以任意次序排列。

这个程序用fortran的namelist机制非常简单，不借助第三方库就能实现。

有关fortran自定义数据类型和面向对象设计的，可以看下Stephen J. Chapman编写的《Fortran 95/2003程序设计》（中国电力出版社）。

C/C++是通用型语言，而Fortran是专为科学计算设计的，有许多针对科学计算问题的特性。C语言问世于上世纪七十年代初，而许多晚于它的第一性原理程序却仍以Fortran编写，比如80年代末的VASP，2000年的abinit和2003年的pwscf。

当然，大的软件项目不同于百十行的小程序。既然决定了用C++，肯定有充分的原因。鄙人在这里班门弄斧了。
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14楼2014-03-29 20:34:44
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普通回帖

qq364085265

金虫 (著名写手)
加油
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3楼2014-03-24 14:05:05
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wopyhj

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wenjlu at 2014-03-23 18:28:19
我们已筹划了多时了，目前正在准备开发，有机会合作啊。

需要学很多东西啊，我正在看书和文献。编程我要用c++,可能傅里叶变换等核心计算的部分我会写一份汇编的，对比效率。
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计算软件架构师；计算软件开发工程师；c/c++; Linux；第一性原理；分子动力学
4楼2014-03-25 20:47:45
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wopyhj

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wenjlu at 2014-03-23 18:28:19
我们已筹划了多时了，目前正在准备开发，有机会合作啊。

加油！
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计算软件架构师；计算软件开发工程师；c/c++; Linux；第一性原理；分子动力学
5楼2014-03-25 20:54:31
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)
★
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力顶

同时弱问，偃势文件基于什么来构建？还是直接用已有的偃势文件，比如VASP中那些？
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一布福田，二修菩提
6楼2014-03-26 14:18:17
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wopyhj at 2014-03-25 20:47:45
需要学很多东西啊，我正在看书和文献。编程我要用c++,可能傅里叶变换等核心计算的部分我会写一份汇编的，对比效率。...

傅立叶变换不是有数学库吗，干嘛还要自己写
难道为了削出与众不同的苹果，非要自己打造一把水果刀
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一布福田，二修菩提
7楼2014-03-26 14:19:59
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wopyhj

新虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by dyc_2008 at 2014-03-26 14:19:59
傅立叶变换不是有数学库吗，干嘛还要自己写
难道为了削出与众不同的苹果，非要自己打造一把水果刀...

针对不同架构的编译器编译后的效率会不同，比如arm与intel，还有就是GPU， 前段时间我听说一个人用汇编写了照相软件，比一般的软件快了6，7倍。我不晓得这个计算用这个会不会快。还有就是很关键的一个问题，并行效率的问题，有个搞Linux的哥们提出，用独立进程处理节点间通信的方法。有人比较过hadoop与mpi的效率，各有千秋。这些都还没经验，需要试验和查阅资料。
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计算软件架构师；计算软件开发工程师；c/c++; Linux；第一性原理；分子动力学
8楼2014-03-28 15:45:37
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wopyhj

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by dyc_2008 at 2014-03-26 14:18:17
力顶

同时弱问，偃势文件基于什么来构建？还是直接用已有的偃势文件，比如VASP中那些？

不关心物理方面的问题，只关心软件工程方面，利用已知的东西把它工程化，不搞研究。
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计算软件架构师；计算软件开发工程师；c/c++; Linux；第一性原理；分子动力学
9楼2014-03-28 15:46:48
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wopyhj

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7楼: Originally posted by dyc_2008 at 2014-03-26 14:19:59
傅立叶变换不是有数学库吗，干嘛还要自己写
难道为了削出与众不同的苹果，非要自己打造一把水果刀...

再高的效率问题涉及到操作系统的内核了，不是一般的人所能搞定的，这个慢慢研究。
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计算软件架构师；计算软件开发工程师；c/c++; Linux；第一性原理；分子动力学
10楼2014-03-28 15:51:25
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