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1164028932

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何让计算离子从晶体内部扩散到表面的能量？

钡长石晶体在硫酸盐环境中，内部的的钡离子会扩散出去和硫酸根生成硫酸钡，图中的绿颜色的离子是钡离子，怎么样计算钡离子扩散出去的能量呢?

如何让计算离子从晶体内部扩散到表面的能量？
钡长石晶体结构.png

[ Last edited by 1164028932 on 2014-3-16 at 19:35 ]
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1楼 2014-03-16 19:32:40
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:24:48
引用回帖:
8楼: Originally posted by 1164028932 at 2014-03-28 21:15:12
你好，我想问一下我这的产物和生成物是什么，怎么建立结构...

肯定要构造一个表面，这个表面就是3L前辈说的暴露面，如果实验能够确定是最好的，如果单单从First Principle的话，至少几个基本面都要看看。然后构造表面，这个从体结构cleave就行了（注意层数要足够高，晶面要足够大）。优化离子未脱出（嵌入）的模型，另外建立一个离子脱出（也许）呈吸附状态的模型，也优化一下，一般从表面的格子扩散到表面应该不会出现别的中间体，所以在这两个状态之间的应该就是过渡态。然后使用Tools-reaction preview，脱出前的（优化好的）xsd文件作为reactant,脱出后的（优化好的）作为product，把迁移过程中对应的atom一个个match一下，全部match后就可以preview。此时就构造出的xtd就是path的轨迹。在xtd上做TS search即可。不过TS confirm用的NEB的方法，相当费时间。
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9楼2014-03-28 23:17:42
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
sunyang1988: 金币+2, 谢谢交流 2014-03-28 09:50:39
1164028932: 金币+105, ★★★★★最佳答案, 回答很好，能否具体说说怎么算扩散能垒 2014-03-28 16:15:32
1164028932: 回帖置顶 2014-03-28 20:53:20
1.仔细研究一下晶体结构，看看有哪些可能的扩散通道；
2.确定晶体可能的暴露面；
3.将上述两点结合起来，确定离子扩散方式，然后象处理化学反应那样，算扩散能垒
4.如果无法确定扩散通道，那就把可能情况都做一下，比较讨论
仅供参考
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3楼2014-03-28 09:26:21
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hakuna

木虫 (知名作家)
1164028932: 回帖置顶 2014-03-28 20:53:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1164028932 at 2014-03-28 15:44:00
你好，麻烦问一下，关键就是钡离子扩散到表面的能垒怎么计算，怎样建模，用什么方法算？...

我用vasp. 你用ms吗？这个我不熟悉，发一个ppt给你，里面有很大篇幅讨论过渡态搜索问题以及参数设置方法，你参考一下。主要用dmol3模块
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  • 附件 1 : Dmol3、Castep的基本原理和参数设置.ppt
    • 2014-03-28 19:51:26, 7.08 M
5楼2014-03-28 19:52:04
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1164028932 at 2014-03-28 15:44:00
你好，麻烦问一下，关键就是钡离子扩散到表面的能垒怎么计算，怎样建模，用什么方法算？...

其实所有程序都差不多，MS下CASTEP可以先估计并且嵌入和脱出的结构，再通过tools中的reaction preview指定反应路径，生成xtd轨迹文件，进行TS serach，目前还不能像Dmol3那样进行TS opt。但是新的版本可以TS confirm。
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7楼2014-03-28 21:07:32
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普通回帖

1164028932

金虫 (初入文坛)
怎么没人回答呀?
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2楼2014-03-27 09:57:00
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1164028932

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hakuna at 2014-03-28 09:26:21
1.仔细研究一下晶体结构，看看有哪些可能的扩散通道；
2.确定晶体可能的暴露面；
3.将上述两点结合起来，确定离子扩散方式，然后象处理化学反应那样，算扩散能垒
4.如果无法确定扩散通道，那就把可能情况都做一下 ...

你好，麻烦问一下，关键就是钡离子扩散到表面的能垒怎么计算，怎样建模，用什么方法算？
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4楼2014-03-28 15:44:00
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1164028932

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2014-03-28 19:52:04
我用vasp. 你用ms吗？这个我不熟悉，发一个ppt给你，里面有很大篇幅讨论过渡态搜索问题以及参数设置方法，你参考一下。主要用dmol3模块...

PPT我看了，我这计算扩散能垒，反应物和产物的模型怎么建立？反应物是什么，产物是什么？
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6楼2014-03-28 21:00:49
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1164028932

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-28 21:07:32
其实所有程序都差不多，MS下CASTEP可以先估计并且嵌入和脱出的结构，再通过tools中的reaction preview指定反应路径，生成xtd轨迹文件，进行TS serach，目前还不能像Dmol3那样进行TS opt。但是新的版本可以TS confi ...

你好，我想问一下我这的产物和生成物是什么，怎么建立结构
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8楼2014-03-28 21:15:12
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1164028932

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-28 23:17:42
肯定要构造一个表面，这个表面就是3L前辈说的暴露面，如果实验能够确定是最好的，如果单单从First Principle的话，至少几个基本面都要看看。然后构造表面，这个从体结构cleave就行了（注意层数要足够高，晶面要足够 ...

麻烦你看一下，我根据你的意思建立的反应物与生成物的结构如下图所示，你看一下合理吗?对不对？还有就是优化的时候要固定晶格优化吗?优化时固定其他原子只优化表面原子还是都优化？
如何让计算离子从晶体内部扩散到表面的能量？-1
reaction.png


如何让计算离子从晶体内部扩散到表面的能量？-2
production.png
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10楼2014-03-30 14:16:14
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