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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 如何让计算离子从晶体内部扩散到表面的能量？
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+5, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:26:03
引用回帖:
10楼: Originally posted by 1164028932 at 2014-03-30 14:16:14
麻烦你看一下，我根据你的意思建立的反应物与生成物的结构如下图所示，你看一下合理吗?对不对？还有就是优化的时候要固定晶格优化吗?优化时固定其他原子只优化表面原子还是都优化？

reaction.png

production.png
...

OB轴向取的太少了。建议把OB轴向取得再大一些，否则相当于OB向的一条线上的Ba都脱出，这不合理。另外真空层建议至少10A，如果严格的话建议做测试，CASTEP的计算量和晶格大小有关，所以要看能承受多大的计算量了，如果是Dmol3就无所谓，真空层取个三五十A问题都不大。

优化应当作不opt cell（但是因此也有可能造成不收敛）的全几何优化，不要固定，这样拖出前后晶格弛豫的能量会包含在脱出的能量中，也很容易理解，离子脱出后晶格需要重组、再构。不过也有可能会不容易收敛。

不过我估计CASTEP计算这个体系有点危险，速度相当慢（我估计单节点每个structure都要几个小时），因为大致上从尺寸上看K-point基本是gamma了，这样CASTEP就算跨节点也不会有好的效率（CASTEP计算划分是依据K-point的）。速度如果比较慢就不要用Ultrafine，可以降低到fine。另外可以尝试Dmol3（也有可能收敛造成问题）甚至开源的SIESTA或Openmx。差不多的精确程度来看，VASP速度比CASTEP好得多，这个你就要好好请教楼上前辈了。

老菜鸟的一点建议，你先试试吧。
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11楼2014-03-30 16:02:13
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1164028932

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-30 16:02:13
OB轴向取的太少了。建议把OB轴向取得再大一些，否则相当于OB向的一条线上的Ba都脱出，这不合理。另外真空层建议至少10A，如果严格的话建议做测试，CASTEP的计算量和晶格大小有关，所以要看能承受多大的计算量了，如 ...

恩好的，不要谦虚，在我眼里你已经是大神了，我还是请教一下，我这个能用Dmol算过渡态吗?我前几天就是这个结构分别用CASTEP和Dmol计算了同一个路径的扩散能，参数设置基本一样，为什么结果差距很大呀？我看文献没发现有用Dmol算晶体内部离子扩散的?麻烦大神指导一下。谢谢。
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12楼2014-03-31 21:28:52
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
12楼: Originally posted by 1164028932 at 2014-03-31 21:28:52
恩好的，不要谦虚，在我眼里你已经是大神了，我还是请教一下，我这个能用Dmol算过渡态吗?我前几天就是这个结构分别用CASTEP和Dmol计算了同一个路径的扩散能，参数设置基本一样，为什么结果差距很大呀？我看文献没发 ...

原子轨道的方法计算固体是不太准确，优化晶格结构都有点困难，castep对于PBC体系肯定好些的。你指的结果差距指的是扩散能垒？除了平面波方法中的pseudopot不一样，另外k-point和Ecut一般需要测试我们是知道的，Dmol3中的k-point以及原子轨道的截断也是要测试的，这些都不一样结果不一样也很正常。不过我觉得你这个体系偏大，CASTEP算起来有点危险，完全准确不可能，趋势正确，计算参数有力有据即可。
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13楼2014-04-01 09:37:04
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1164028932

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-01 09:37:04
原子轨道的方法计算固体是不太准确，优化晶格结构都有点困难，castep对于PBC体系肯定好些的。你指的结果差距指的是扩散能垒？除了平面波方法中的pseudopot不一样，另外k-point和Ecut一般需要测试我们是知道的，Dmo ...

恩就是的，扩散能垒差距很大，你说的PBC体系是什么体系？
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14楼2014-04-02 22:35:31
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
14楼: Originally posted by 1164028932 at 2014-04-02 22:35:31
恩就是的，扩散能垒差距很大，你说的PBC体系是什么体系？...

周期边界条件（periodic boundary condition）。我觉得你先看看趋势（和试验方面），比较纯粹的绝对值意义不大，这个本身也依赖泛函的选取，很显然的就是即便同一种泛函采用不同基函数展开，特性也很不同。PBC下Dmol3计算某些性质我听说不是很靠谱。

castep大家很注意Ecut的选取，但是Dmol3大家对Rcut的选取似乎并不是很重视，两者的可比性我觉得都只有这些相关的参数极限外推才能够作比较。

另外，我不确定的是你现在过渡态构型上两者做出来的定性是否正确？Dmol3可以在TS search后计算Freq，然后进行TS opt，经过优化后的构型是否比较过？

靠谱点的话还是VASP。
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15楼2014-04-02 23:00:36
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