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123456qi

木虫 (职业作家)

[求助] 什么情况,未进入结合腔?怎么办? 已有2人参与

做了个新分子,与先导相比,新分子未完全进入原有的结合腔,但还是和几个蛋白形成了氢键!文章里要用可以吗?怎么说?
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123456qi

木虫 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by monsoncupid at 2014-03-10 21:25:42
你说的意思是配体没进蛋白的原有活性位点,然后和蛋白上的几个氨基酸残基有氢键,结合能也不错,问这种结果能用不能用是么?
应该是可以用的,如果想进一步调整参数让他完全进入的话,你可以调整一下binding site  ...

学习了!谢谢!
6楼2014-03-10 21:45:19
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-10 19:21:20
盒子建的不对吧,重新构建盒子
3楼2014-03-10 16:32:12
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123456qi

木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2014-03-10 16:32:12
盒子建的不对吧,重新构建盒子

用的是文献里的PDB ID。这方面不太懂。未完全进入原有的结合腔,但还是和几个蛋白形成了氢键!这种结果还能用吗?是不是没进入结合腔就没有什么意义了,即使有氢键作用也不行啊?
4楼2014-03-10 17:30:12
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
123456qi: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-10 21:45:24
你说的意思是配体没进蛋白的原有活性位点,然后和蛋白上的几个氨基酸残基有氢键,结合能也不错,问这种结果能用不能用是么?
应该是可以用的,如果想进一步调整参数让他完全进入的话,你可以调整一下binding site 的一些参数比如半径和坐标,但实际上不用完全进入,配体有差异不一定完全进入,如果还是不放心跑个动力学验证一下
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
5楼2014-03-10 21:25:42
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