24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 669  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

123456qi

木虫 (职业作家)

[求助] 什么情况,未进入结合腔?怎么办? 已有2人参与

做了个新分子,与先导相比,新分子未完全进入原有的结合腔,但还是和几个蛋白形成了氢键!文章里要用可以吗?怎么说?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-10 19:21:20
盒子建的不对吧,重新构建盒子
3楼2014-03-10 16:32:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

123456qi

木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2014-03-10 16:32:12
盒子建的不对吧,重新构建盒子

用的是文献里的PDB ID。这方面不太懂。未完全进入原有的结合腔,但还是和几个蛋白形成了氢键!这种结果还能用吗?是不是没进入结合腔就没有什么意义了,即使有氢键作用也不行啊?
4楼2014-03-10 17:30:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
123456qi: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-10 21:45:24
你说的意思是配体没进蛋白的原有活性位点,然后和蛋白上的几个氨基酸残基有氢键,结合能也不错,问这种结果能用不能用是么?
应该是可以用的,如果想进一步调整参数让他完全进入的话,你可以调整一下binding site 的一些参数比如半径和坐标,但实际上不用完全进入,配体有差异不一定完全进入,如果还是不放心跑个动力学验证一下
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
5楼2014-03-10 21:25:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

123456qi

木虫 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by monsoncupid at 2014-03-10 21:25:42
你说的意思是配体没进蛋白的原有活性位点,然后和蛋白上的几个氨基酸残基有氢键,结合能也不错,问这种结果能用不能用是么?
应该是可以用的,如果想进一步调整参数让他完全进入的话,你可以调整一下binding site  ...

学习了!谢谢!
6楼2014-03-10 21:45:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 071000生物学求调剂,初试成绩343 +6 小小甜面团 2026-03-25 6/300 2026-03-26 23:01 by 不吃魚的貓
[考研] 0703化学求调剂 +3 丹青奶盖 2026-03-26 5/250 2026-03-26 20:11 by macy2011
[考研] 286求调剂 +13 Faune 2026-03-21 13/650 2026-03-26 19:52 by peike
[考研] 一志愿211院校 344分 东北农业大学生物学学硕,求调剂 +3 丶风雪夜归人丶 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:35 by 求调剂zz
[考研] 寻找调剂 +5 倔强芒? 2026-03-21 8/400 2026-03-26 13:25 by 0906ljy
[考研] 材料求调剂 +4 .m.. 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:30 by peike
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
[考研] 一志愿吉林大学材料与化工303分求调剂 +4 为学666 2026-03-24 4/200 2026-03-25 11:27 by BruceLiu320
[考研] 求调剂323材料与化工 +4 1124361 2026-03-24 4/200 2026-03-25 11:19 by shulmg
[考研] 材料学硕,求调剂 6+4 糖葫芦888ll 2026-03-22 9/450 2026-03-25 11:19 by greychen00
[考研] 318求调剂 +5 plum李子 2026-03-21 8/400 2026-03-25 09:26 by aa331100
[考研] 材料学求调剂 +6 Stella_Yao 2026-03-20 6/300 2026-03-25 00:37 by baoball
[考研] 环境学硕288求调剂 +8 皮皮皮123456 2026-03-22 8/400 2026-03-23 23:47 by 热情沙漠
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 材料与化工085600,总分304,本科有两篇sci参与,求调剂 +4 幸运的酱酱 2026-03-22 5/250 2026-03-22 20:15 by edmund7
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:09 by 星空星月
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
信息提示
请填处理意见