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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 什么情况，未进入结合腔？怎么办？
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123456qi

木虫 (职业作家)

[求助] 什么情况，未进入结合腔？怎么办？ 已有2人参与

做了个新分子，与先导相比，新分子未完全进入原有的结合腔，但还是和几个蛋白形成了氢键！文章里要用可以吗？怎么说？
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1楼 2014-03-09 16:20:12
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123456qi

木虫 (职业作家)
2楼2014-03-10 15:27:17
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-10 19:21:20
盒子建的不对吧，重新构建盒子
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3楼2014-03-10 16:32:12
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123456qi

木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2014-03-10 16:32:12
盒子建的不对吧，重新构建盒子

用的是文献里的PDB ID。这方面不太懂。未完全进入原有的结合腔，但还是和几个蛋白形成了氢键！这种结果还能用吗？是不是没进入结合腔就没有什么意义了，即使有氢键作用也不行啊？
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4楼2014-03-10 17:30:12
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
123456qi: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-10 21:45:24
你说的意思是配体没进蛋白的原有活性位点，然后和蛋白上的几个氨基酸残基有氢键，结合能也不错，问这种结果能用不能用是么？
应该是可以用的，如果想进一步调整参数让他完全进入的话，你可以调整一下binding site 的一些参数比如半径和坐标，但实际上不用完全进入，配体有差异不一定完全进入，如果还是不放心跑个动力学验证一下
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
5楼2014-03-10 21:25:42
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123456qi

木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by monsoncupid at 2014-03-10 21:25:42
你说的意思是配体没进蛋白的原有活性位点，然后和蛋白上的几个氨基酸残基有氢键，结合能也不错，问这种结果能用不能用是么？
应该是可以用的，如果想进一步调整参数让他完全进入的话，你可以调整一下binding site  ...

学习了！谢谢！
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6楼2014-03-10 21:45:19
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