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汕头大学海洋科学接受调剂
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wangyisheng

金虫 (小有名气)

[求助] 有没有用 lj势函数 模拟lammps的朋友? 已有1人参与

lj势函数有像eam这样的文件吗?potential文件夹中没有找到,如果有,那它的格式和eam的setfl以及funcfl格式有区别吗?
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zhang53201

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-03-05 18:23:39
wangyisheng: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-03-06 15:36:55
lj势函数只有几个参数需要给定,所以就没有类似eam的文件了。
你在input里面只用说明要使用lj势函数,它的参数是多少,就可以了。

比如,

pair_style lj/cut 2.5  #指定截断半径
pair_coeff * * 1 1  #指定sigma和那个e的值。
2楼2014-03-05 11:23:19
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wangyisheng

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhang53201 at 2014-03-05 11:23:19
lj势函数只有几个参数需要给定,所以就没有类似eam的文件了。
你在input里面只用说明要使用lj势函数,它的参数是多少,就可以了。

比如,

pair_style lj/cut 2.5  #指定截断半径
pair_coeff * * 1 1  #指定 ...

我看manuel说,关于lj势函数的命令主要有charmm和class2两种,而charmm主要是用于非溶剂化的生物分子,而我想做Ag和O的体系,应该用哪一种lj势函数?,,,,,,原本不想用lj,但只有一篇文献中提到了Ag与O的体系,用的是lj势函数。“Ag-Al-O体系中纳米Ag形成过程研究”,,,,,,,不过文献中也没提及势参数,其参考文献中也没有。
3楼2014-03-05 15:29:53
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zhang53201

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-05 18:23:45
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyisheng at 2014-03-05 15:29:53
我看manuel说,关于lj势函数的命令主要有charmm和class2两种,而charmm主要是用于非溶剂化的生物分子,而我想做Ag和O的体系,应该用哪一种lj势函数?,,,,,,原本不想用lj,但只有一篇文献中提到了Ag与O的体系 ...

我看到nist上面有Ag和O的势函数,lj的不好用,就用eam的吧。

http://www.ctcms.nist.gov/potentials/O.html
4楼2014-03-05 18:04:17
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wangyisheng

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhang53201 at 2014-03-05 18:04:17
我看到nist上面有Ag和O的势函数,lj的不好用,就用eam的吧。

http://www.ctcms.nist.gov/potentials/O.html...

如果能用EAM,是最好的。如果有Ta存在,这会影响银和氧之间的关系吗?如果没有影响,如何能够屏蔽Ta,只使用银和氧之间的关系?
5楼2014-03-05 18:17:49
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zhang53201

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-06 19:07:58
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyisheng at 2014-03-05 18:17:49
如果能用EAM,是最好的。如果有Ta存在,这会影响银和氧之间的关系吗?如果没有影响,如何能够屏蔽Ta,只使用银和氧之间的关系?...

pair_style eam/alloy
pair_coeff * * ../potentials/NiAlH_jea.eam.alloy Ni Al Ni Ni

比如这个例子,没有用到H,在后面就不指定H了。
6楼2014-03-06 13:44:49
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wangyisheng

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang53201 at 2014-03-06 13:44:49
pair_style eam/alloy
pair_coeff * * ../potentials/NiAlH_jea.eam.alloy Ni Al Ni Ni

比如这个例子,没有用到H,在后面就不指定H了。...

到的,多谢了!
7楼2014-03-06 15:36:28
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