| 查看: 1887 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
xueer小雯金虫 (初入文坛)
|
[求助]
grompp时的warning，怎么解决这个group的问题 已有1人参与
|
|
|
grompp想要做能量最小化的时候，出现这样的warning： Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 165867.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 1.862,1.860 nm Largest charge group radii for Coulomb: 2.373,1.903 nm WARNING 1 : The sum of the two largest charge group radii (4.276125) is larger than rlist (1.000000)。 我之前用的小分子的ipt与gro文件是在Prodrg上生成的，就没有这样的问题。 现在用的小分子itp与gro文件是用http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/来生成的，所以我怀疑是小分子文件的原因。 请问有人知道该怎么改这个group么，使得charge group不要那么大？ 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
基金不中，共勉
已经有10人回复
-
青基如何破局
已经有6人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有11人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有7人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有6人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有6人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有6人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有5人回复
-
梦想
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
yj112358
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.4
- 散金: 16
- 帖子: 96
- 在线: 103.5小时
- 虫号: 2837253
- 注册: 2013-11-29
- 专业: 胶体与界面化学
送红花一朵 
5楼2017-09-28 22:22:55
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1215.1
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.5小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2014-03-03 19:52:35
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2014-03-03 20:37:36
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1215.1
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.5小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
4楼2014-03-03 21:35:58
投票:
