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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » grompp时的warning，怎么解决这个group的问题
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)

[求助] grompp时的warning，怎么解决这个group的问题 已有1人参与

grompp想要做能量最小化的时候，出现这样的warning：

Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 165867.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 1.862,1.860 nm
Largest charge group radii for Coulomb:      2.373,1.903 nm
WARNING 1 :
  The sum of the two largest charge group radii (4.276125) is larger than rlist (1.000000)。
我之前用的小分子的ipt与gro文件是在Prodrg上生成的，就没有这样的问题。
现在用的小分子itp与gro文件是用http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/来生成的，所以我怀疑是小分子文件的原因。

请问有人知道该怎么改这个group么，使得charge group不要那么大？
谢谢！
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1楼 2014-03-03 15:56:35
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-03 20:29:35
你的这个itp文件里的char group看一下是怎么样的，是不是每一个原子定义成一个char group
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gromacs
2楼2014-03-03 19:52:35
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-03-03 19:52:35
你的这个itp文件里的char group看一下是怎么样的，是不是每一个原子定义成一个char group

不是的，是几个一组，那我可以把每一个定义为一组，是吧？
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3楼2014-03-03 20:37:36
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-04 16:45:17
xueer小雯: 金币+20 2014-03-09 11:28:45
可以把每个原子定义成一个char group
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yj112358
gromacs
4楼2014-03-03 21:35:58
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yj112358

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-03-03 21:35:58
可以把每个原子定义成一个char group

请问在哪里改charge group呢？是在itp文件哪个地方是定义charge group的地方呢？？
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5楼2017-09-28 22:22:55
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yj112358 at 2017-09-28 22:22:55
请问在哪里改charge group呢？是在itp文件哪个地方是定义charge group的地方呢？？...

atomtypes类里面最后一列
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gromacs
6楼2017-10-13 19:59:01
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