| 查看: 1582 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
xueer小雯金虫 (初入文坛)
|
[求助]
grompp时的warning，怎么解决这个group的问题 已有1人参与
|
|
|
grompp想要做能量最小化的时候，出现这样的warning： Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 165867.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 1.862,1.860 nm Largest charge group radii for Coulomb: 2.373,1.903 nm WARNING 1 : The sum of the two largest charge group radii (4.276125) is larger than rlist (1.000000)。 我之前用的小分子的ipt与gro文件是在Prodrg上生成的，就没有这样的问题。 现在用的小分子itp与gro文件是用http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/来生成的，所以我怀疑是小分子文件的原因。 请问有人知道该怎么改这个group么，使得charge group不要那么大？ 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
二苯甲酮酸类衍生物
已经有6人回复
-
接受任何调剂
已经有4人回复
-
一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗
已经有12人回复
-
320求调剂
已经有4人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有18人回复
-
295分求调剂
已经有5人回复
-
294求调剂
已经有8人回复
-
山东双非院校考核超级无底线，领导幸灾乐祸，教师遭殃恐
已经有8人回复
-
0854求调剂
已经有25人回复
-
一志愿沪9，326求生物学调剂
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2014-03-03 20:37:36
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2014-03-03 19:52:35
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
yj1123584楼2014-03-03 21:35:58
yj112358
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.4
- 散金: 16
- 帖子: 96
- 在线: 103.5小时
- 虫号: 2837253
- 注册: 2013-11-29
- 专业: 胶体与界面化学
5楼2017-09-28 22:22:55
20