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xueer小雯金虫 (初入文坛)
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grompp时的warning，怎么解决这个group的问题 已有1人参与
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grompp想要做能量最小化的时候，出现这样的warning： Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 165867.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 1.862,1.860 nm Largest charge group radii for Coulomb: 2.373,1.903 nm WARNING 1 : The sum of the two largest charge group radii (4.276125) is larger than rlist (1.000000)。 我之前用的小分子的ipt与gro文件是在Prodrg上生成的，就没有这样的问题。 现在用的小分子itp与gro文件是用http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/来生成的，所以我怀疑是小分子文件的原因。 请问有人知道该怎么改这个group么，使得charge group不要那么大？ 谢谢！ |
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