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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 有关农作物基因组测序的问题
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 有关农作物基因组测序的问题 已有1人参与

各位大侠，我有个关于基因组测序的问题想问大家，现在有一些农作物的基因组已经测序完成，比如玉米和水稻，还有小麦也正在测序中。但是农作物有不同的栽培种，对于不同的品种，基因组测序是以哪个为准？基因组测序要是以其中一种为准，那要是从其他的品种获得一条DNA序列，与数据库对比会不会有不同啊？大约能差多少啊？各位能给说一下吗？
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1楼 2014-03-02 22:13:51
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lwk5716 at 2014-03-03 14:18:39
我找到了用转录组找了一段基因，想和已有的小麦测序的序列对比，有的能达到80%多，我想知道这是小麦本身的，还是外源的。我的小麦是和中间偃麦草杂交的。自己建自己群体的BAC库来获得基因，是不是有些麻烦啊。...

小麦本身相似度得超过90%，你的亲本差异大标记好开发，若到最后没有可以参考的序列需要建BAC。我们实验室也让我最近学建BAC正愁着呢。
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hehe
4楼2014-03-03 18:38:53
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-03-03 08:22:03
lwk5716: 金币+5 2014-03-04 11:59:34
测序品种以一种为准，对比数据库肯定会有差异，所以有些实验室克隆基因需要自己建自己群体的BAC库来获得基因。
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hehe
2楼2014-03-02 22:26:49
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-03-02 22:26:49
测序品种以一种为准，对比数据库肯定会有差异，所以有些实验室克隆基因需要自己建自己群体的BAC库来获得基因。

我找到了用转录组找了一段基因，想和已有的小麦测序的序列对比，有的能达到80%多，我想知道这是小麦本身的，还是外源的。我的小麦是和中间偃麦草杂交的。自己建自己群体的BAC库来获得基因，是不是有些麻烦啊。
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3楼2014-03-03 14:18:39
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-03-03 18:38:53
小麦本身相似度得超过90%，你的亲本差异大标记好开发，若到最后没有可以参考的序列需要建BAC。我们实验室也让我最近学建BAC正愁着呢。...

谢谢你！
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5楼2014-03-04 11:59:10
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