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yuehedou木虫 (小有名气)
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[求助]
有人做过或接触过microRNA的paired-end测序数据分析吗
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我的两个植物样，送去做microRNA的illumina HiSeq测序，公司给我送回来的数据是paired-end类型的，每个样品都有两个同样大小的序列文件，分别存储microRNA的序列及其反向互补序列。 现在在前期过滤序列时遇到了问题了，同一个样品的两份数据因为其测序质量不一样，过滤掉的reads就可能不一样。我的问题是后续分析都只需一个样品的一份数据，这样在最终获得clean reads时，就需要有所取舍，现在不知道该怎么办了，求教各位大牛赐教？！ 我现在有三种想法：1. 保留一份数据；2. 把两份数据加和起来；3. 保留两个文件中相同的序列的一份，外加不同的质量高的那条序列（这个难度比较大，还没想好怎么做）。 以前看过microRNA的文献资料描述的基本都是single end的，很少看到paired-end的，如果有人有这方面的文献资料或好的软件，也可以分享给我啊，先谢谢诸位了！ |
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yuehedou
木虫 (小有名气)
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比如这两个fastq文件的两段序列： 文件1： @DHDC08P1_0325:4:1101:1291:2243#GATCAG/1 TGTATGATTTCGAACTTGGCGC +DHDC08P1_0325:4:1101:1291:2243#GATCAG/1 __^ccdeefgggghgfhhhhhf @DHDC08P1_0325:4:1101:1843:2157#GATCAG/1 TCTCGGACCAGGCTTCATTCC +DHDC08P1_0325:4:1101:1843:2157#GATCAG/1 ^^\accccgccceZf`gYe^S @DHDC08P1_0325:4:1101:2447:2199#GATCAG/1 ACCGTGTTGTGATTTAGAGGCACA +DHDC08P1_0325:4:1101:2447:2199#GATCAG/1 ___eacccgeeggihihihdgdgi 文件2： @DHDC08P1_0325:4:1101:1291:2243#GATCAG/2 GCGCCAAGTTCGAAATCATACA +DHDC08P1_0325:4:1101:1291:2243#GATCAG/2 ___c`c]cggcg`f\dJ`dg_g @DHDC08P1_0325:4:1101:1843:2157#GATCAG/2 GGAATGAAGCCTGGTCCGAGA +DHDC08P1_0325:4:1101:1843:2157#GATCAG/2 Z_ZZ`Zacacggcg`e^effa @DHDC08P1_0325:4:1101:2447:2199#GATCAG/2 TGTGCCTCTAAATCACAACACGGT +DHDC08P1_0325:4:1101:2447:2199#GATCAG/2 _b_cceeeggffgiiihiiiiihe 这些看起来好像都正好，但不能保证所有序列都这么整齐。 我想到了两种替换层次：1，/1和/2中每个对应碱基依质量值的替换； 2，/1和/2中每两条对应序列的替换。 对我难度比较大，你看看能实现不…… |
12楼2014-03-03 15:01:18
2楼2014-02-28 16:53:33
3楼2014-02-28 16:54:20
gaoyang636
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