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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用sybyl做docking后，得到的分子没有电荷
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whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 用sybyl做docking后，得到的分子没有电荷

我用sybyl 做完docking
得到的分子构象 看了一下电荷 都是零
为什么呀？
是我哪里操作错了吗？
请高手解答下
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1楼 2014-02-23 16:14:12
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whqllj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by aa7899379 at 2014-02-23 23:50:41
可能是因为对接前的小分子没有compute  charge,导致ligand小分子各原子电荷都为零。可以尝试：在对接前对小分子计算电荷，指令为compute/charge/G_M

对接前的小分子是有电荷分布的呢，所以很迷茫了
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3楼2014-02-24 11:42:52
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aa7899379

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-24 16:44:11
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-02-24 16:44:16
whqllj(月只蓝代发): 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-21 21:40:39
可能是因为对接前的小分子没有compute  charge,导致ligand小分子各原子电荷都为零。可以尝试：在对接前对小分子计算电荷，指令为compute/charge/G_M

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2014-02-23 23:50:41
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whqllj

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 如果二楼的应助有帮助，麻烦考虑给其金币奖励。 2014-02-24 20:21:25
月只蓝: 金币+5, 感谢分享问题的解决办法！ 2014-02-24 20:22:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by whqllj at 2014-02-24 17:32:35
已经解决

跟公司的技术支持沟通了下，原来是docking的时候蛋白和小分子是连个力场，所以docking完系统不知道用哪个力场计算，所以像二楼说的 通过computer-charge-G-H就可以得到电荷分布了。
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5楼2014-02-24 20:01:31
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齐春艳

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by whqllj at 2014-02-24 20:01:31
跟公司的技术支持沟通了下，原来是docking的时候蛋白和小分子是连个力场，所以docking完系统不知道用哪个力场计算，所以像二楼说的 通过computer-charge-G-H就可以得到电荷分布了。...

你好，我也遇到了同样的问题，对接前配体用minimize优化，优化的时候加了G-H电荷，然后做对接，对接后也没有电荷。所以请问你说的compute-charge-G-H是在对接前完成还是对接后完成呢？
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6楼2015-10-12 15:31:01
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