应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用sybyl做docking后，得到的分子没有电荷
汕头大学海洋科学接受调剂
61/1返回列表
查看: 905  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

whqllj

金虫 (正式写手)

[求助] 用sybyl做docking后，得到的分子没有电荷

我用sybyl 做完docking
得到的分子构象 看了一下电荷 都是零
为什么呀？
是我哪里操作错了吗？
请高手解答下
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-02-23 16:14:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aa7899379

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-24 16:44:11
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-02-24 16:44:16
whqllj(月只蓝代发): 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-21 21:40:39
可能是因为对接前的小分子没有compute  charge,导致ligand小分子各原子电荷都为零。可以尝试：在对接前对小分子计算电荷，指令为compute/charge/G_M

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-02-23 23:50:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by aa7899379 at 2014-02-23 23:50:41
可能是因为对接前的小分子没有compute  charge,导致ligand小分子各原子电荷都为零。可以尝试：在对接前对小分子计算电荷，指令为compute/charge/G_M

对接前的小分子是有电荷分布的呢，所以很迷茫了
赞一下 回复此楼
3楼2014-02-24 11:42:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
月只蓝: 可否分享一下问题的解决方法。 2014-02-24 19:25:39
已经解决
回复此楼
4楼2014-02-24 17:32:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whqllj

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 如果二楼的应助有帮助，麻烦考虑给其金币奖励。 2014-02-24 20:21:25
月只蓝: 金币+5, 感谢分享问题的解决办法！ 2014-02-24 20:22:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by whqllj at 2014-02-24 17:32:35
已经解决

跟公司的技术支持沟通了下，原来是docking的时候蛋白和小分子是连个力场，所以docking完系统不知道用哪个力场计算，所以像二楼说的 通过computer-charge-G-H就可以得到电荷分布了。
赞一下 回复此楼
5楼2014-02-24 20:01:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

齐春艳

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by whqllj at 2014-02-24 20:01:31
跟公司的技术支持沟通了下，原来是docking的时候蛋白和小分子是连个力场，所以docking完系统不知道用哪个力场计算，所以像二楼说的 通过computer-charge-G-H就可以得到电荷分布了。...

你好，我也遇到了同样的问题，对接前配体用minimize优化，优化的时候加了G-H电荷，然后做对接，对接后也没有电荷。所以请问你说的compute-charge-G-H是在对接前完成还是对接后完成呢？
赞一下 回复此楼
6楼2015-10-12 15:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whqllj 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 山东省基金2026 +6 jerry681 2026-04-08 7/350 2026-04-14 10:08 by 羁俗
[考研] 0856专硕求调剂 希望是a区院校 +24 好好休息好不好 2026-04-09 27/1350 2026-04-13 22:22 by pies112
[基金申请] 有爆料，一个青年教师卖房得400万，然后换了一个四青帽子 +11 babu2015 2026-04-08 11/550 2026-04-13 16:33 by probebill
[考研] 化工学硕 285求调剂 +29 Wisjxn 2026-04-07 29/1450 2026-04-13 13:47 by floriea
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-09 12/600 2026-04-12 10:32 by 逆水乘风
[考研] 305求调剂 +6 77Qi 2026-04-07 6/300 2026-04-12 02:30 by 秋豆菜芽
[考研] 22408调剂315分 +3 zhuangyan123 2026-04-09 3/150 2026-04-12 00:25 by 蓝云思雨
[考研] 267求调剂 +8 再忙也要吃饭啊 2026-04-09 8/400 2026-04-11 21:42 by cfdbai
[考研] 070300化学279求调剂 +19 哈哈哈^_^ 2026-04-08 20/1000 2026-04-11 20:43 by stoner78
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 一志愿北理工298英一数二已上岸，感谢各位老师 +14 Reframe 2026-04-10 16/800 2026-04-10 23:07 by caotw2020
[考研] 中科院总分315求调剂 +8 lallalh 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:30 by dick_runner
[考研] 287求调剂 +15 Fnhc 2026-04-07 21/1050 2026-04-10 19:09 by chemisry
[考研] 本9 一志愿西工大085601 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-10 16:57 by luoyongfeng
[考研] 一志愿武理车辆 281 求调剂 +5 上岸研究生. 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:56 by only周
[考研] 材料307分求大佬组收留 +17 Hll胡 2026-04-07 17/850 2026-04-09 10:53 by liuhuiying09
[考研] 机械专硕273请求调剂 +6 庚申壬申 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:41 by bljnqdcc
[考研] 求调剂，现在还能填的 +3 上岸小莹加油 2026-04-08 3/150 2026-04-08 14:30 by zhq0425
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭