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兰S水晶

银虫 (小有名气)

[求助] 求助dcd 的SDF如何做?以及图中的SDF所用软件

最近要用dcd做SDF,用了gromacs的g_spatial,出来的cube在VMD中显示不尽如人意。
搜了一下坛子里好像比较少提到SDF的做法。
有几篇以前的文献提到软件gopenmol,但是这个软件2005年就没有更新了,且界面看起来很恶心。。。
然后找了最近几篇文献,发现有这样的图,觉得很漂亮,但是不知道是用什么软件做出来的,所以前来求助了。
求助dcd 的SDF如何做?以及图中的SDF所用软件
sdf.jpg


求助dcd 的SDF如何做?以及图中的SDF所用软件-1
FIND.JPG

[ Last edited by 兰S水晶 on 2014-2-20 at 22:23 ]
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兰S水晶

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jianchuanliu at 2015-07-05 13:47:03
请问楼主,你用gromacs 做sdf的时候,用trajconv的时候,组是怎么选的呢?  就是index中的组是怎么选择的。...

你用的g_sdf还是g_spatial?make_ndx不是直接有选项吗?
5楼2015-07-05 23:06:16
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兰S水晶

银虫 (小有名气)

up之?话说发email给原作者了,期待有回复。
2楼2014-02-22 18:55:12
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兰S水晶

银虫 (小有名气)

作者回复了,自己编译的程序, 不是用g_spatial,这下搞得有点头大了。
3楼2014-02-23 11:38:01
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jianchuanliu

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2014-02-23 11:38:01
作者回复了,自己编译的程序, 不是用g_spatial,这下搞得有点头大了。

请问楼主,你用gromacs 做sdf的时候,用trajconv的时候,组是怎么选的呢?  就是index中的组是怎么选择的。
4楼2015-07-05 13:47:03
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