应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1135  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

兰S水晶

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] 求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件

最近要用dcd做SDF，用了gromacs的g_spatial，出来的cube在VMD中显示不尽如人意。
搜了一下坛子里好像比较少提到SDF的做法。
有几篇以前的文献提到软件gopenmol，但是这个软件2005年就没有更新了，且界面看起来很恶心。。。
然后找了最近几篇文献，发现有这样的图，觉得很漂亮，但是不知道是用什么软件做出来的，所以前来求助了。
求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件
sdf.jpg


求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件-1
FIND.JPG

[ Last edited by 兰S水晶 on 2014-2-20 at 22:23 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-02-20 22:20:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兰S水晶

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
up之？话说发email给原作者了，期待有回复。
赞一下 回复此楼
2楼2014-02-22 18:55:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兰S水晶

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
作者回复了，自己编译的程序， 不是用g_spatial，这下搞得有点头大了。
赞一下 回复此楼
3楼2014-02-23 11:38:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianchuanliu

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
3楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2014-02-23 11:38:01
作者回复了，自己编译的程序， 不是用g_spatial，这下搞得有点头大了。

请问楼主，你用gromacs 做sdf的时候，用trajconv的时候，组是怎么选的呢？  就是index中的组是怎么选择的。
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-05 13:47:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兰S水晶

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
4楼: Originally posted by jianchuanliu at 2015-07-05 13:47:03
请问楼主，你用gromacs 做sdf的时候，用trajconv的时候，组是怎么选的呢？  就是index中的组是怎么选择的。...

你用的g_sdf还是g_spatial?make_ndx不是直接有选项吗？
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-05 23:06:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianchuanliu

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
5楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2015-07-05 23:06:16
你用的g_sdf还是g_spatial?make_ndx不是直接有选项吗？...

我用的是g-spatial   。  但是这之前需要用make-nedx 来建立索引。我做的是乙醇和钠离子体系。我想看看乙醇周围的钠离子分布。建立索引的时候应该是选择乙醇组，还是选择众多乙醇中的一个呢？如何只选择一个乙醇分子呢？  建立索引完了还要用到trjconv，也是要选择组，该如何选择呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-06 09:04:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 兰S水晶 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿华南师范361分，化学求调剂 +4 Nicole88888 2026-04-01 4/200 2026-04-01 10:08 by 唐沐儿
[考研] 一志愿085600中科院宁波所276分求调剂 +20 材料学257求调剂 2026-03-28 21/1050 2026-04-01 09:20 by xiayizhi
[考研] 349求调剂 +6 zwjjjjjj 2026-03-31 6/300 2026-04-01 09:16 by JourneyLucky
[电化学] 070300化学调剂 +7 山顶见α 2026-03-25 7/350 2026-03-31 22:21 by piaoyi415
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-29 10/500 2026-03-31 19:52 by Dyhoer
[考研] 086000生物与医药 初试274求调剂 +4 小叮当来了 2026-03-30 4/200 2026-03-31 16:48 by shengliu165
[考研] 322求调剂：一志愿湖南大学 材料与化工（085600），已过六级。 +10 XX小邓 2026-03-29 10/500 2026-03-31 16:46 by 不吃魚的貓
[考研] 330分求调剂 +6 qzenlc 2026-03-29 6/300 2026-03-31 16:44 by Wang200018
[考研] 085601 材料工程 313分 求调剂 +6 Ong3 2026-03-27 6/300 2026-03-31 15:18 by yanflower7133
[考研] 0817化工学硕调剂 +7 努力上岸中！ 2026-03-31 7/350 2026-03-31 09:58 by nalakaiqi
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338 +7 YYYYYNNNNN 2026-03-26 9/450 2026-03-30 20:29 by YYYYYNNNNN
[考研] 一志愿华中师范化学332分求调剂 +3 Lyy930824@ 2026-03-29 3/150 2026-03-30 20:15 by DHUSHUAI
[考研] 322求调剂 +10 宋明欣 2026-03-27 10/500 2026-03-30 18:47 by 544594351
[考研] 284求调剂 +14 junqihahaha 2026-03-26 15/750 2026-03-30 14:12 by 探123
[考研] 一志愿北京理工大学本科211材料工程294求调剂 +8 mikasa的围巾 2026-03-28 8/400 2026-03-29 12:48 by 无际的草原
[考研] 356求调剂 +3 gysy?s?a 2026-03-28 3/150 2026-03-29 00:33 by 544594351
[考研] 314求调剂 +3 溪云珂 2026-03-26 3/150 2026-03-27 11:20 by sanrepian
[考研] 调剂 +3 李嘉图·S·路 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:19 by wangjy2002
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭