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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件
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兰S水晶

银虫 (小有名气)

[求助] 求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件

最近要用dcd做SDF，用了gromacs的g_spatial，出来的cube在VMD中显示不尽如人意。
搜了一下坛子里好像比较少提到SDF的做法。
有几篇以前的文献提到软件gopenmol，但是这个软件2005年就没有更新了，且界面看起来很恶心。。。
然后找了最近几篇文献，发现有这样的图，觉得很漂亮，但是不知道是用什么软件做出来的，所以前来求助了。
求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件
sdf.jpg


求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件-1
FIND.JPG

[ Last edited by 兰S水晶 on 2014-2-20 at 22:23 ]
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1楼2014-02-20 22:20:48
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兰S水晶

银虫 (小有名气)
up之？话说发email给原作者了，期待有回复。
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2楼2014-02-22 18:55:12
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兰S水晶

银虫 (小有名气)
作者回复了，自己编译的程序， 不是用g_spatial，这下搞得有点头大了。
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3楼2014-02-23 11:38:01
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jianchuanliu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2014-02-23 11:38:01
作者回复了，自己编译的程序， 不是用g_spatial，这下搞得有点头大了。

请问楼主，你用gromacs 做sdf的时候，用trajconv的时候，组是怎么选的呢？  就是index中的组是怎么选择的。
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4楼2015-07-05 13:47:03
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兰S水晶

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jianchuanliu at 2015-07-05 13:47:03
请问楼主，你用gromacs 做sdf的时候，用trajconv的时候，组是怎么选的呢？  就是index中的组是怎么选择的。...

你用的g_sdf还是g_spatial?make_ndx不是直接有选项吗？
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5楼2015-07-05 23:06:16
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jianchuanliu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2015-07-05 23:06:16
你用的g_sdf还是g_spatial?make_ndx不是直接有选项吗？...

我用的是g-spatial   。  但是这之前需要用make-nedx 来建立索引。我做的是乙醇和钠离子体系。我想看看乙醇周围的钠离子分布。建立索引的时候应该是选择乙醇组，还是选择众多乙醇中的一个呢？如何只选择一个乙醇分子呢？  建立索引完了还要用到trjconv，也是要选择组，该如何选择呢？

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6楼2015-07-06 09:04:33
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