应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件
61/1返回列表
查看: 1233  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

兰S水晶

银虫 (小有名气)

[求助] 求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件

最近要用dcd做SDF，用了gromacs的g_spatial，出来的cube在VMD中显示不尽如人意。
搜了一下坛子里好像比较少提到SDF的做法。
有几篇以前的文献提到软件gopenmol，但是这个软件2005年就没有更新了，且界面看起来很恶心。。。
然后找了最近几篇文献，发现有这样的图，觉得很漂亮，但是不知道是用什么软件做出来的，所以前来求助了。
求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件
sdf.jpg


求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件-1
FIND.JPG

[ Last edited by 兰S水晶 on 2014-2-20 at 22:23 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-02-20 22:20:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兰S水晶

银虫 (小有名气)
up之？话说发email给原作者了，期待有回复。
赞一下 回复此楼
2楼2014-02-22 18:55:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兰S水晶

银虫 (小有名气)
作者回复了，自己编译的程序， 不是用g_spatial，这下搞得有点头大了。
赞一下 回复此楼
3楼2014-02-23 11:38:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianchuanliu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2014-02-23 11:38:01
作者回复了，自己编译的程序， 不是用g_spatial，这下搞得有点头大了。

请问楼主，你用gromacs 做sdf的时候，用trajconv的时候，组是怎么选的呢？  就是index中的组是怎么选择的。
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-05 13:47:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兰S水晶

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jianchuanliu at 2015-07-05 13:47:03
请问楼主，你用gromacs 做sdf的时候，用trajconv的时候，组是怎么选的呢？  就是index中的组是怎么选择的。...

你用的g_sdf还是g_spatial?make_ndx不是直接有选项吗？
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-05 23:06:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianchuanliu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2015-07-05 23:06:16
你用的g_sdf还是g_spatial?make_ndx不是直接有选项吗？...

我用的是g-spatial   。  但是这之前需要用make-nedx 来建立索引。我做的是乙醇和钠离子体系。我想看看乙醇周围的钠离子分布。建立索引的时候应该是选择乙醇组，还是选择众多乙醇中的一个呢？如何只选择一个乙醇分子呢？  建立索引完了还要用到trjconv，也是要选择组，该如何选择呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-06 09:04:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 兰S水晶 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 6/300 2026-08-30 19:13 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:40 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:20 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 18:18 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:17 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 17:47 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:36 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 17:34 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:14 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 6/300 2026-08-30 13:54 by GkCVyODlx4mR
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:14 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭