24小时热门版块排行榜    

查看: 3463  |  回复: 22
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

tiechong

金虫 (著名写手)

[交流] Molpro内存不足 已有9人参与

比如每个核有2GB的内存,我用了"memory,192,m",按照Molpro的说明,是每个核用了192MW=1.5GB内存,可是每次都任务终止,提示"insufficient memory available - require 110715156  have  80466536",难道是说我只有80MW=640MB内存?
于是我就增加核的个数,用64个,128个总行吧?每个核1.5G, 我64个核96G内存了。可是还是同样的错误信息。
于是我就问Molpro,人家答复说:内存的需求不是所有核的累计,不管你用1个核还是100个核,每个核所需要的内存都是一样的。难道我得增加单个核的内存?可是俺们这每个核却只有2GB的内存啊(已经设了1.5GB了)

用过Molpro的虫子出来说说。难道算Molpro的单核都必须有远大于2GB的内存?比如全部是5GB甚至10GB一个核?

我也就是算算CASPT2(5,5),20个原子,一个过渡金属原子,没有对称性

[ Last edited by tiechong on 2014-2-17 at 06:55 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-02-19 01:30:34
用单核试试吧。molpro的多参考计算不能通过并行提高速度,反而更慢。另外,如果用rs2c模块做caspt2,或者再加上密度拟合和组态筛选,计算速度能提高一两个数量级
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
5楼2014-02-17 20:52:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gkf高: 金币+3 2014-02-19 10:37:40
引用回帖:
8楼: Originally posted by tiechong at 2014-02-18 13:12:59
rs2c不能算multi-state caspt2啊,我是要一起解10个态,这个单独解容易遇上收敛的问题吧
如果单独解一个rs2c第2个态该用什么casscf参考态,貌似casscf不能单独解第2个态,
...

casscf用态平均,不会遇到你说的问题。
ms-caspt2有两种做法,一是每个态分别做caspt2,然后一起做ms;二是所有态一起做caspt2,然后做ms。随着态数的增加,后一种方法比前者快很多。gamess的mcqdpt和molcas的ms-caspt2用的后一种方法。molpro的rs2模块本来计算效率就不高,而且还用第一种做法,因此就更耗时、耗内存。
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
11楼2014-02-18 21:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gkf高: 金币+5 2014-02-19 21:01:22
引用回帖:
13楼: Originally posted by tiechong at 2014-02-19 12:59:04
可不可以说gamess的casscf和caspt2这类的计算也不输给molpro?似乎molpro的ccsd并行还是可以的?但是除此以外molpro对比免费软件gamess优势不大?...

molpro的CASSCF无论是收敛速度还是每一步的计算速度都是最快的,大约比其他程序的CASSCF收敛速度快一个数量级,计算速度快1-2个数量级。其中基于行列式的算法速度最快,基于组态的算法稍慢,但是可以做组态筛选。缺点是对初始波函的质量要求很高,对于极个别的高对称过渡金属体系激发态,有时候结构稍微变一点就不收敛了,或者根本就不收敛。

其他程序的CASSCF收敛速度都相对较慢,往往要迭代几十步到上百步(这里不考虑H2、HF这类Gaussian都能做的简单情况)。不过相对来说,gamess,molcas的CASSCF要好一些,因为每一步迭代的速度还比较快,而且对初始波函的质量不太挑剔,比molpro好养活,但是结果对初始波函有一些依赖性:使用不同的相邻结构产生的初始波函,能量可能有一些差别,虽然误差很小,但是一旦做MRCI或CASPT2,误差就会放大几十到几百倍,导致势能面存在噪声。如果在gamess,molcas里面选一个的话,推荐molcas。虽然gamess包含多个CASSCF以及MCSCF模块,但是不适合初学者,因为关键词、输入风格、功能完全不统一,最早的时候甚至连对称性符号都是各用各的,会把人搞糊涂。特别是功能最多的行列式CASSCF模块,算单重态的时候很有可能会得到来打酱油的三重态。

现在很热门的ORCA程序在CASSCF计算方面仍有欠缺,虽然CASSCF输入风格像molpro一样简单灵活,但是计算速度比Gaussian快点有限。
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
14楼2014-02-19 13:41:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by chrinide at 2014-02-19 14:01:12
怎么不试试 FireFly的 XMCQDPT。...

CASPT2级别的计算我还没说。除了FireFly以外,Molpro从2012版开始也可以做类似的XMS-CASPT2计算,优点是有解析梯度,而且能用密度拟合算大体系
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
16楼2014-02-19 20:40:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by chrinide at 2014-02-20 13:43:27
XMS-CASPT2 可以看作XMCQDPT的internally-contracted近似。不知道Molpro的解析梯度速度如何,对于这种级别的计算,可能数值梯度计算会更快些,FireFly处理大体系可用使用Resolvent-fitting,速度非常快。...

molpro的rs2c模块非常快,但是不能做ms-caspt2和解析梯度计算
能做这些计算的rs2模块比较慢。2012版支持密度拟合,能快一些
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
20楼2014-02-20 20:45:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tiechong 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见