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836449366

金虫 (小有名气)

[求助] 高斯计算错误出现内存空间不足，试验多种方法无效

大家好，我的问题是：
高斯出现错误，提示
Out-of-memory error in routine ShPair-LoodLd2 (IEnd=      89705860 MxCore=      81470438)
Use %mem=308MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /software/gaussian/g09/l401.exe at Sat Oct 19 21:21:44 2013.
经过网上搜索，已经试了两种方法
第一种修改%mem=800MW/1200MW/1800MW,均试过无效
第二种在.bashrc中加export GAUSS_MEMDEF=800MW，无效
还有，为了防止多个任务抢占内存，我用一个计算节点算一个任务，还是失败
本人已经无力了，求虫友帮忙，在此表示感谢！
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1楼 2013-10-19 21:29:54
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

836449366

金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by Tracyxi at 2013-10-23 16:23:34
你好！
我们知道在用gaussian进行计算的时候，每种方法都会对应一种频率和能量的修正系数，那么请问我在DFT-B3LYP-6-311G(d)这种基组下的修正系数应该是多少和多少呢？
谢谢...

虽然高斯说明书上没说DFT-B3LYP-6-311G(d)这种基组下的修正系数，但给了DFT-B3LYP-6-31G(d)的修正系数，频率为0.9613，ZPE为0.9804
一般会近似处理，这对结果影响不大。
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16楼2013-10-23 21:10:30
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+1 2013-10-21 09:59:23
不加%mem，用默认内存跑是否可行？
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2楼2013-10-21 08:10:41
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836449366

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-10-21 08:10:41
不加%mem，用默认内存跑是否可行？

就是因为默认内存不行，我才更换的，提示错误也和上面的说法差不多
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3楼2013-10-21 08:38:26
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
按照%mem 进行修改就可以了
问题是： 1，你机器物理内存有多少？是win 还是linux？
2，如果说仅仅跑这一个程序，那程序可以用的内存估计有多少？尽量调到上限值试试。
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Youcompleteme.
4楼2013-10-21 10:17:20
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836449366

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abdoman at 2013-10-21 10:17:20
按照%mem 进行修改就可以了
问题是： 1，你机器物理内存有多少？是win 还是linux？
2，如果说仅仅跑这一个程序，那程序可以用的内存估计有多少？尽量调到上限值试试。

我的机器的物理内存为2个，24个逻辑CPU，是在linux下计算的
查看top后：
Mem:  32867772k total, 29117480k used,  3750292k free,   237240k buffers
Swap: 16571036k total,      312k used, 16570724k free, 18553748k cached
根据网上的说法，可用内存=第四行的free + 第四行的buffers + 第五行的cached，这样就只用2700MW，是不是计算已经达到了机器的上限了，就不能再计算了？？？
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5楼2013-10-21 11:06:11
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

1. 你用多少CPU并行呢？
2. 物理内存用多大？
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Youcompleteme.
6楼2013-10-21 13:04:52
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gkf高: 金币+2 2013-10-22 20:23:23
你top后，总的32867772k，这么大，也就是说如果机器空的话（没有其他任务），内存差不多有32G吧？
你除去系统进程必须的，我想用30G应该没有问题吧
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Youcompleteme.
7楼2013-10-21 13:07:46
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836449366

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abdoman at 2013-10-21 13:04:52
1. 你用多少CPU并行呢？
2. 物理内存用多大？

我这个任务我直接用了24个逻辑CPU（全用了）
至于物理cpu多大，这个我就不知道了，我只知道有两个物理CPU
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8楼2013-10-21 14:18:26
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gkf高: 金币+2 2013-10-22 20:23:31
我建议你试试这样。
1. 把cpu调低，比如16个。
2. 然后内存提高。
%mem=30Gb
高斯
如果报错，说allocated memory is not enough （也许不是原话，但是意思差不多就行）
那就降低内存。

PS: 你的截图是就是你要用的计算节点吗？ 感觉不是空载的。也许只是为了截图需要吧。
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Youcompleteme.
9楼2013-10-22 08:12:36
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836449366

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by abdoman at 2013-10-22 08:12:36
我建议你试试这样。
1. 把cpu调低，比如16个。
2. 然后内存提高。
%mem=30Gb
高斯
如果报错，说allocated memory is not enough （也许不是原话，但是意思差不多就行）
那就降低内存。

PS: 你的截图是就是 ...

对的，那个计算节点在算一个任务。
你说的方法我试试，谢谢虫友了。
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10楼2013-10-22 08:52:40
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