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xiezhancnu木虫 (小有名气)
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vcf格式疑问，想请教大神!已有1人参与
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各位好： 请问一下 vcf格式中 QUAL这一列 我查了一下是这样的： QUAL：Phred格式(Phred_scaled)的质量值，表示在该位点存在variant的可能性；该值越高，则variant的可能性越大；计算方法：Phred值 = -10 * log (1-p) p为variant存在的概率; 通过计算公式可以看出值为10的表示错误概率为0.1，该位点为variant的概率为90%。 我想问一下 这里p是怎么算出来的？ 我一直对这个vcf文件中QUAL是怎么来的不太明白 想请教 金币不是问题，解释清楚了，要多少给多少，呵呵~~ |
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wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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先看文献http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9521921 然后我的理解和你稍微不同，phred不是测variant，是测测序序列的准确性的。 像你说的phred=10，就是在那个位点得到的碱基有90%的可能性是准确的 这个P的计算有点像machine learning，phred程序中保存了大量的数据。这些数据来源于测已知序列，记录了测序波形和精度与正确碱基判断之间的关系。然后通过对当前波形和精度的判断，在已知数据中找匹配值，而得到P。 |
2楼2014-02-11 08:03:04