| 查看: 5181 | 回复: 5 | |||||||
[交流]
【转载】 分子对接中确定活性位点的方法 已有5人参与
|
|
分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但可靠性比较低。 那么如果找到活性位点呢？有以下几种方法： 1、查阅文献，根据文献报道找到活性位点。 2、如果优受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为6.5到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点。 3、利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块，然后根据经验规律，（疏水残基最多的空洞为活性位点）判断活性位点。 4、Discovery Studio Visualizer (free)观察 配体结合位点，也可事实 from PDB Site records或from receptor cavities确定活性位点。 以上方法仅供参考。 5、有一个活性位点预测网上服务器 Q-Site Finder 地址http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/ 6、找一个序列结构类似的有配体-受体复合物的3D结构，与未知活性位点的蛋白进行对比： 1)在PyMOL中,载入两个蛋白 2) 用align 将未知活性位点的蛋白与配体-受体蛋白进行比对 3) 标记未知活性位点的蛋白残基 4) 保存 比对并标记过的未知活性位点蛋白 以上方法仅供参考。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 软件酷 | 分析工具 | 3D-docking | 分子对接 |
» 猜你喜欢
08工科求调剂290分
已经有10人回复
-
353求调剂
已经有8人回复
-
308求调剂
已经有16人回复
-
334求调剂
已经有14人回复
-
一志愿0807 数一英一 313 有没有二轮调剂
已经有7人回复
-
复试调剂，一志愿郑州大学材料与化工289分
已经有14人回复
-
086000调剂
已经有3人回复
-
材料类284调剂
已经有23人回复
-
22408 270分
已经有5人回复
-
调剂
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子对接时配体跟受体分开很远，配体不在受体活性口袋
已经有7人回复
- 活性炭改性有哪些方法，除去氧化还有什么办法？最好能增加配位点～
已经有10人回复
- 怎么用DS寻找蛋白的结合位点或者是活性位点？
已经有3人回复
- 一种比较详细的PCR技术
已经有10人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- 如何从电子云密度判断反应活性位点？
已经有9人回复
- 求教个专业术语：酶的催化位点和活性位点各指的是什么意思
已经有6人回复
yilanding
木虫 (著名写手)
- 应助: 28 (小学生)
- 金币: 4273.3
- 红花: 12
- 沙发: 1
- 帖子: 1192
- 在线: 311.7小时
- 虫号: 2341995
- 注册: 2013-03-13
- 性别: GG
- 专业: 天然药物化学
2楼2014-02-11 08:01:32
3楼2014-03-17 10:47:22
4楼2014-03-17 16:38:06
5楼2014-03-17 17:37:12
xwnail2003
禁虫 (著名写手)
|
本帖内容被屏蔽 |
6楼2016-01-29 16:10:03
