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a_simba

银虫 (初入文坛)

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[交流] 【转载】分子对接中确定活性位点的方法已有5人参与

分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但可靠性比较低。
那么如果找到活性位点呢？有以下几种方法：
1、查阅文献，根据文献报道找到活性位点。
2、如果优受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为6.5到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点。
3、利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块，然后根据经验规律，（疏水残基最多的空洞为活性位点）判断活性位点。
4、Discovery Studio Visualizer (free)观察配体结合位点，也可事实 from PDB Site records或from receptor cavities确定活性位点。
以上方法仅供参考。
5、有一个活性位点预测网上服务器 Q-Site Finder 地址http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/
6、找一个序列结构类似的有配体-受体复合物的3D结构，与未知活性位点的蛋白进行对比：
1)在PyMOL中,载入两个蛋白
2) 用align 将未知活性位点的蛋白与配体-受体蛋白进行比对
3) 标记未知活性位点的蛋白残基
4) 保存比对并标记过的未知活性位点蛋白
以上方法仅供参考。

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