应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 加中性化离子遇的到问题
51/1返回列表
查看: 1532  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lifeisall

铜虫 (小有名气)

[求助] amber 加中性化离子遇的到问题 已有2人参与

做amber官网的第一个练习
加中性化离子时，应该是这样：
(5)加中性化离子：

>addions dna1 Na+ 0  (0意味着中性化)

18 Na+ ions required to neutralize.
Adding 18 counter ions to "dna1" using 1A grid
Grid extends from solute vdw + 1.87  to  7.97
Resolution:      1.00 Angstrom.
grid build: 0 sec
(no solvent present)
Calculating grid charges
charges: 0 sec
Placed Na+ in dna1 at (-0.73, 10.83, 18.51).
Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 18.51).
Placed Na+ in dna1 at (10.27, 4.83, 11.51).
Placed Na+ in dna1 at (-6.73, -8.17, 11.51).
Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 3.83, 13.51).
Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 25.51).
Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 5.51).
Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 8.83, 1.51).
Placed Na+ in dna1 at (11.27, 1.83, 25.51).
Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -4.17, 28.51).
Placed Na+ in dna1 at (5.27, 3.83, 3.51).
Placed Na+ in dna1 at (2.27, -6.17, 27.51).
Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -3.17, 8.51).
Placed Na+ in dna1 at (6.27, 7.83, 15.51).
Placed Na+ in dna1 at (10.27, -3.17, 8.51).
Placed Na+ in dna1 at (-1.73, -12.17, 16.51).
Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 4.51).
Placed Na+ in dna1 at (-7.73, 8.83, 21.51).
Done adding ions.
产生中性化的prmtop和inpcrd文件：
>saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd
输出：polyAT_cio.prmtop,  polyAT_cio.inpcrd
最终的目的是建立带有抗性离子的可溶的DNA文件，抗性已建立，接下来创建可溶性的文件，也就是加水。

我输入
>saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd

后，产生如下问题：
> saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd
saveAmberParm: Improper number of arguments!
usage:  saveAmberParm <unit> <topologyfile> <coordfile>
>
而且没有输出   polyAT_cio.prmtop,  polyAT_cio.inpcrd 文件
这是为什么？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-01-22 11:13:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2014-01-23 11:37:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:39:55
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-22 21:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lifeisall

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-22 21:37:07
ployAT_cio prmtop
缺了.
ployAT_cio.prmtop

粗心

可是修改后还是不行 还是没有这两个输出文件    怎么办？？？
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-23 10:01:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-24 13:04:07
貌似你在定义分子的时候用的是dna1,末尾是数字1
而在生成prmtop和inpcrd文件的时候用的是dnal，末尾是字母l
赞一下 回复此楼
5楼2014-01-24 09:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 食品专硕 一志愿双一流 328 +3 xiaom99 2026-03-21 4/200 2026-03-24 21:20 by lailaisimei
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +3 章小鱼567 2026-03-23 3/150 2026-03-24 20:25 by 汪！？！
[考研] 生物学学硕求调剂 +6 小羊睡着了? 2026-03-23 9/450 2026-03-24 20:21 by 小羊睡着了?
[考研] 材料292调剂 +8 橘颂思美人 2026-03-23 8/400 2026-03-24 16:33 by laoshidan
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程（085601） +5 WW.' 2026-03-23 7/350 2026-03-24 14:50 by sprinining
[考研] 293求调剂 +6 加一一九 2026-03-24 6/300 2026-03-24 14:29 by JourneyLucky
[考研] 环境学硕288求调剂 +8 皮皮皮123456 2026-03-22 8/400 2026-03-23 23:47 by 热情沙漠
[考研] 材料专业求调剂 +11 hanamiko 2026-03-18 11/550 2026-03-23 23:12 by peike
[考研] 284求调剂 +3 yanzhixue111 2026-03-23 6/300 2026-03-23 22:58 by pswait
[考研] 考研化学308分求调剂 +7 你好明天你好 2026-03-23 8/400 2026-03-23 18:39 by macy2011
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +5 vv迷 2026-03-21 8/400 2026-03-22 14:20 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +7 Auroracx 2026-03-22 7/350 2026-03-22 12:38 by 素颜倾城1988
[考研] 一志愿华中科技大学071000，求调剂 +4 沿岸有贝壳6 2026-03-21 4/200 2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 311求调剂 +3 勇敢的小吴 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:40 by ColorlessPI
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭