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amber 加中性化离子遇的到问题 已有2人参与
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做amber官网的第一个练习 加中性化离子时，应该是这样： (5)加中性化离子： >addions dna1 Na+ 0 (0意味着中性化) 18 Na+ ions required to neutralize. Adding 18 counter ions to "dna1" using 1A grid Grid extends from solute vdw + 1.87 to 7.97 Resolution: 1.00 Angstrom. grid build: 0 sec (no solvent present) Calculating grid charges charges: 0 sec Placed Na+ in dna1 at (-0.73, 10.83, 18.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 18.51). Placed Na+ in dna1 at (10.27, 4.83, 11.51). Placed Na+ in dna1 at (-6.73, -8.17, 11.51). Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 3.83, 13.51). Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 25.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 5.51). Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 8.83, 1.51). Placed Na+ in dna1 at (11.27, 1.83, 25.51). Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -4.17, 28.51). Placed Na+ in dna1 at (5.27, 3.83, 3.51). Placed Na+ in dna1 at (2.27, -6.17, 27.51). Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -3.17, 8.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, 7.83, 15.51). Placed Na+ in dna1 at (10.27, -3.17, 8.51). Placed Na+ in dna1 at (-1.73, -12.17, 16.51). Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 4.51). Placed Na+ in dna1 at (-7.73, 8.83, 21.51). Done adding ions. 产生中性化的prmtop和inpcrd文件： >saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd 输出：polyAT_cio.prmtop, polyAT_cio.inpcrd 最终的目的是建立带有抗性离子的可溶的DNA文件，抗性已建立，接下来创建可溶性的文件，也就是加水。 我输入 >saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd 后，产生如下问题： > saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd saveAmberParm: Improper number of arguments! usage: saveAmberParm <unit> <topologyfile> <coordfile> > 而且没有输出 polyAT_cio.prmtop, polyAT_cio.inpcrd 文件 这是为什么？ |
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