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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 加中性化离子遇的到问题
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lifeisall

铜虫 (小有名气)

[求助] amber 加中性化离子遇的到问题 已有2人参与

做amber官网的第一个练习
加中性化离子时，应该是这样：
(5)加中性化离子：

>addions dna1 Na+ 0  (0意味着中性化)

18 Na+ ions required to neutralize.
Adding 18 counter ions to "dna1" using 1A grid
Grid extends from solute vdw + 1.87  to  7.97
Resolution:      1.00 Angstrom.
grid build: 0 sec
(no solvent present)
Calculating grid charges
charges: 0 sec
Placed Na+ in dna1 at (-0.73, 10.83, 18.51).
Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 18.51).
Placed Na+ in dna1 at (10.27, 4.83, 11.51).
Placed Na+ in dna1 at (-6.73, -8.17, 11.51).
Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 3.83, 13.51).
Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 25.51).
Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 5.51).
Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 8.83, 1.51).
Placed Na+ in dna1 at (11.27, 1.83, 25.51).
Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -4.17, 28.51).
Placed Na+ in dna1 at (5.27, 3.83, 3.51).
Placed Na+ in dna1 at (2.27, -6.17, 27.51).
Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -3.17, 8.51).
Placed Na+ in dna1 at (6.27, 7.83, 15.51).
Placed Na+ in dna1 at (10.27, -3.17, 8.51).
Placed Na+ in dna1 at (-1.73, -12.17, 16.51).
Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 4.51).
Placed Na+ in dna1 at (-7.73, 8.83, 21.51).
Done adding ions.
产生中性化的prmtop和inpcrd文件：
>saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd
输出：polyAT_cio.prmtop,  polyAT_cio.inpcrd
最终的目的是建立带有抗性离子的可溶的DNA文件，抗性已建立，接下来创建可溶性的文件，也就是加水。

我输入
>saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd

后，产生如下问题：
> saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd
saveAmberParm: Improper number of arguments!
usage:  saveAmberParm <unit> <topologyfile> <coordfile>
>
而且没有输出   polyAT_cio.prmtop,  polyAT_cio.inpcrd 文件
这是为什么？
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1楼 2014-01-22 11:13:32
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:39:55
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-22 21:37:07
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lifeisall

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-22 21:37:07
ployAT_cio prmtop
缺了.
ployAT_cio.prmtop

粗心

可是修改后还是不行 还是没有这两个输出文件    怎么办？？？
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-23 10:01:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2014-01-23 11:37:37
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-24 13:04:07
貌似你在定义分子的时候用的是dna1,末尾是数字1
而在生成prmtop和inpcrd文件的时候用的是dnal，末尾是字母l
赞一下 回复此楼
5楼2014-01-24 09:58:20
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请叫我呼呼呼

铜虫 (小有名气)
你好 楼主  看到您这老帖子了 想向您请教请教 这个问题解决了么？  我才开始学习Amber，现在也遇到这个问题了
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6楼2017-10-17 21:25:11
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