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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » shell脚本修改nodes
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飞翔……

金虫 (正式写手)

[求助] shell脚本修改nodes 已有2人参与

用侯博士的脚本，发现计算时是 running on    1 nodes，比较慢，如果服务器有6个nodes可用的话，如何修改脚本以最大的发挥其功能。
shell脚本修改nodes
1.JPG
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1楼 2014-01-18 22:50:26
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飞翔……: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-19 21:18:08
time vasp那里需要改成服务器需要的并行命令。这命令依赖于服务器，需要咨询管理员。同时可以还需要设置别的东西。
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2楼2014-01-19 00:13:33
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飞翔……: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2014-01-19 21:18:14
這叫單機計算~只用了一個 core
若是有多個 cores 可用~則可一次使用多個
比方
一次做六個
#!/bin/bash
for i in 150 200 250 300 350 400
do
mkdir $i
cp POSCAR POTCAR KPOINTS $i
cd $i
cat > INCAR <<!
SYSTEM=Si-Diamond
ENCUT=$i
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=-5
PREC=Accurate
!
echo "ENCUT=$i eV"; time vasp &
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}`
echo $i $E >> ../comment
cd ..
done
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飞翔……
3楼2014-01-19 03:26:25
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飞翔……

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jpchou at 2014-01-19 03:26:25
這叫單機計算~只用了一個 core
若是有多個 cores 可用~則可一次使用多個
比方
一次做六個
#!/bin/bash
for i in 150 200 250 300 350 400
do
mkdir $i
cp POSCAR POTCAR KPOINTS $i
cd $i
cat > INCAR ...

你好！  你能帮我把每一行都标个注释吗？说明这行是用来干什么的。学过其一些编程，但不懂Shell。谢谢啦
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4楼2014-01-19 21:25:16
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
"学过其一些编程，但不懂Shell"
在這裡"編程"不就是Shell script嬤????


因為不知你的程度所以我也不知道要怎麼開始......
....................
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5楼2014-01-19 23:42:09
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飞翔……

金虫 (正式写手)
仔细看了下，发现有2个地方不太懂：
1.  time vasp &， time vasp 是什么意思？ &是表示后台运行的意思吗？
2. ../comment 和 cd ..，那两个点要改变成相应的路径吗？
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6楼2014-01-20 12:20:11
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飞翔……

金虫 (正式写手)
我是学的其他编程语言，没讲清楚，不好意思，谢谢你的回复！
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7楼2014-01-20 12:21:13
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飞翔……

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jpchou at 2014-01-19 03:26:25
這叫單機計算~只用了一個 core
若是有多個 cores 可用~則可一次使用多個
比方
一次做六個
#!/bin/bash
for i in 150 200 250 300 350 400
do
mkdir $i
cp POSCAR POTCAR KPOINTS $i
cd $i
cat > INCAR ...

8楼2014-01-20 22:37:22
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
???????:
6?: Originally posted by ???衭?? at 2014-01-20 12:20:11
????????????????2????????????
1.  time vasp &?? time vasp ????????? &??????????е??????
2. ../comment ?? cd ..????????????????????·????

????~??????????????????m ^_^

1.  time vasp &?? time vasp ????????? &??????????е??????
time ????? linux ???
?????? vasp ?@?????Y????~?ш??е?r?g????o??
???~????????f"??????time"
??? vasp & ???]???}??

& ????????Л]?e

ps. ?κ????????? time
time  ls
time  df
time cp A B
....

2. ../comment ?? cd ..????????????????????·????
cd .. ?? ../comment ?e??? .. ??????????|??
????  "???????"
???????@?????????l?]~????·??????·??

???????^??
shell script ?e?挑?????Ж|??
?????????? linux ?????????????????
script ?????????????????????????n???T??
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9楼2014-01-20 23:04:49
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飞翔……

金虫 (正式写手)
恩，谢谢你，这个基本上明白了。就是6个任务在六个core上并行计算吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2014-01-20 23:37:01
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