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飞翔……

金虫 (正式写手)

[求助] shell脚本修改nodes 已有2人参与

用侯博士的脚本,发现计算时是 running on    1 nodes,比较慢,如果服务器有6个nodes可用的话,如何修改脚本以最大的发挥其功能。
shell脚本修改nodes
1.JPG
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飞翔……

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jpchou at 2014-01-19 03:26:25
這叫單機計算~只用了一個 core
若是有多個 cores 可用~則可一次使用多個
比方
一次做六個
#!/bin/bash
for i in 150 200 250 300 350 400
do
mkdir $i
cp POSCAR POTCAR KPOINTS $i
cd $i
cat > INCAR ...

你好!  你能帮我把每一行都标个注释吗?说明这行是用来干什么的。学过其一些编程,但不懂Shell。谢谢啦
4楼2014-01-19 21:25:16
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查看全部 11 个回答

KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
飞翔……: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-19 21:18:08
time vasp那里需要改成服务器需要的并行命令。这命令依赖于服务器,需要咨询管理员。同时可以还需要设置别的东西。
2楼2014-01-19 00:13:33
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
飞翔……: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2014-01-19 21:18:14
這叫單機計算~只用了一個 core
若是有多個 cores 可用~則可一次使用多個
比方
一次做六個
#!/bin/bash
for i in 150 200 250 300 350 400
do
mkdir $i
cp POSCAR POTCAR KPOINTS $i
cd $i
cat > INCAR <<!
SYSTEM=Si-Diamond
ENCUT=$i
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=-5
PREC=Accurate
!
echo "ENCUT=$i eV"; time vasp &
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}`
echo $i $E >> ../comment
cd ..
done

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3楼2014-01-19 03:26:25
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

"学过其一些编程,但不懂Shell"
在這裡"編程"不就是Shell script嬤????


因為不知你的程度所以我也不知道要怎麼開始......
....................
5楼2014-01-19 23:42:09
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