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sr_913

金虫 (初入文坛)

[求助] 质粒构建出了奇怪的现象,实在找不到原因,请大家帮忙看看 已有2人参与

大家好!
        我现在在做Plk0.1-EGF载体重组质粒的构建。有几个问题始终解决不了,找不到原因。
        我是载体和目的基因(大小80bp)用EcoRI 和AgeI 37℃过夜双酶切后,跑电泳,胶回收,然后用T4连接。连接产物转化Stbl3感受态. 做了连接的负对照,负对照长了四五个菌落,连接产物大概长十几个菌落,但挑菌抽质粒跑胶后,发现抽出来的质粒比空载体小很多(估计2K左右)。这是什么原因呢?操作什么的应该都没有问题。另外,我们目前用的这个载体是前人改造过的,EcoRI 和AgeI酶切位点之间只有几十bp大小的序列。
        我看到  shRNA载体质粒plko.1 mannual,上面说用EcoR I 和Age I分别酶切。并且Age I是先切的,这是为什么,一定要按这顺序切吗?不可以一起双切吗?

[ Last edited by sr_913 on 2014-1-14 at 12:54 ]
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sr_913: 金币+3, 有帮助, 谢谢这位虫友,希望得到进一步解答 2014-01-14 16:50:40
sr_913(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-01-15 08:33:48
发现抽出来的质粒比空载体小很多(估计2K左右):环状质粒电泳的时候大小比线性的偏小。
可以双切吧,可能以前的AgeI和EcoRI酶没有共用buffer,所以分开切了
建议去测序,一切以测序结果为准。
3楼2014-01-14 15:47:41
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sr_913: 金币+2, 有帮助 2014-01-15 13:21:47
可以双酶切的,其中没有特异结构可以用的。
hehe
5楼2014-01-14 16:50:25
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
sr_913(kx444555代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-01-15 08:33:54
sr_913: 金币+2, 有帮助 2014-01-15 13:24:27
你跑一个菌落PCR确定你转入目的片段了没有。确定你的质粒是不是你所需要的。再做酶切验证。
hehe
6楼2014-01-14 16:57:54
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sr_913 at 2014-01-14 16:46:53
跑的空载也是抽质粒抽出来的,没有切过,应该也是环状的吧。昨天把抽出来的重组质粒做了AgeI和EcoRI的双酶切,跑出来是两条带,但是大小不对,一条在5k,一条在3k,很奇怪。老板说这种情况对的概率很小,不愿意花钱 ...

几个测序反应也就几十块钱,老板这么不愿意测序,说明前人也基本不测序,让人怀疑前人做的这个载体是不是有问题。
7楼2014-01-15 08:49:25
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j2

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sr_913 at 2014-01-14 16:46:53
跑的空载也是抽质粒抽出来的,没有切过,应该也是环状的吧。昨天把抽出来的重组质粒做了AgeI和EcoRI的双酶切,跑出来是两条带,但是大小不对,一条在5k,一条在3k,很奇怪。老板说这种情况对的概率很小,不愿意花钱 ...

确定载体没问题?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
修炼ing,当虫仙……
8楼2014-01-15 08:59:50
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普通回帖

sr_913

金虫 (初入文坛)

大家帮帮忙呀,狠着急狠着急~~
2楼2014-01-14 13:07:46
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sr_913

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gongeleven at 2014-01-14 15:47:41
发现抽出来的质粒比空载体小很多(估计2K左右):环状质粒电泳的时候大小比线性的偏小。
可以双切吧,可能以前的AgeI和EcoRI酶没有共用buffer,所以分开切了
建议去测序,一切以测序结果为准。

跑的空载也是抽质粒抽出来的,没有切过,应该也是环状的吧。昨天把抽出来的重组质粒做了AgeI和EcoRI的双酶切,跑出来是两条带,但是大小不对,一条在5k,一条在3k,很奇怪。老板说这种情况对的概率很小,不愿意花钱测序,哎~
4楼2014-01-14 16:46:53
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sr_913

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-14 16:57:54
你跑一个菌落PCR确定你转入目的片段了没有。确定你的质粒是不是你所需要的。再做酶切验证。

目的片段太小,只有80bp,跑出来分不清是目的片段还是引物二聚体
9楼2014-01-15 13:19:15
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sr_913

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-14 16:50:25
可以双酶切的,其中没有特异结构可以用的。

谢谢!
10楼2014-01-15 13:21:56
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