| 查看: 4812 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
xueyiran2007铜虫 (小有名气)
|
[求助]
MS生成Lammps的data文件，文件中原子的类型和顺序并不是自己想要的，请问如何修改？ 已有2人参与
|
|
|
我利用MS建立了水在铁表面的模型，并导出data文件，但发现文件里H, O的原子类型分别有两种，而且H.O的atom ID也不符合Lammps的要求， Lammps要求1个O后面跟2个H，但我的data文件中H,O的atom ID并不是按照这个规律来的，请问大神，这种情况怎么处理啊？万分感激！ 请各位大神帮小弟一把啊 Lammps中的H,O规定如下： the atom IDs for the O and 2 H atoms must be consecutive, with the O atom first. This is to enable LAMMPS to "find" the 2 H atoms associated with each O atom. For example, if the atom ID of an O atom in a TIP4P water molecule is 500, then its 2 H atoms must have IDs 501 and 502. 我的data文件如下， 5437 atoms 3136 bonds 1571 angles 6 dihedrals 0 impropers 5 atom types 3 bond types 2 angle types 1 dihedral types 6.514843568 92.404843568 xlo xhi -0.483828184 5.242171816 ylo yhi 1.713492553 58.973492553 zlo zhi Masses 1 55.847000 2 15.999400 3 15.999400 4 1.007970 5 1.007970 ################################ 问题1：通过Masses可以看到，这里H,O的atom type分别有2种，这是怎么回事？如何修改？ Atoms # full 2290 1 2 -0.820000 68.712000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2291 1 2 -0.820000 70.143500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2292 1 2 -0.820000 71.575000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2293 1 2 -0.820000 73.006500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2294 1 2 -0.820000 74.438000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2295 1 2 -0.820000 75.869500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2296 1 2 -0.820000 77.301000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2297 1 2 -0.820000 78.732500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2298 1 2 -0.820000 80.164000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2299 1 2 -0.820000 81.595500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2300 1 2 -0.820000 83.027000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2301 1 2 -0.820000 84.458500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2302 1 4 0.410000 52.595500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2303 1 4 0.410000 54.075500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2304 1 4 0.410000 55.458500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2305 1 4 0.410000 56.938500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2306 1 4 0.410000 58.321500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2307 1 4 0.410000 59.801500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2308 1 4 0.410000 61.184500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2309 1 4 0.410000 62.664500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2310 1 4 0.410000 64.047500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2311 1 4 0.410000 65.527500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* ################################################### 问题2：这里H,O的排列并不符合lammps的要求，请问各位大神，如何修改H,O的排列顺序？ |
回复此楼» 猜你喜欢
070300化学279求调剂
已经有8人回复
-
土木水利专硕276分求调剂
已经有9人回复
-
328求调剂
已经有16人回复
-
化学工程调剂289
已经有26人回复
-
331求调剂
已经有3人回复
-
材料与化工专硕306分找合适调剂
已经有24人回复
-
材料工程调剂
已经有8人回复
-
材料专硕调剂
已经有14人回复
-
334求调剂
已经有7人回复
-
材料工程085601，270求调剂
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问一步有500百万个原子的lammps构型文件用什么软件可以可视化显示？
已经有8人回复
- LAMMPS 的坐标文件怎么构建呢？不可能一个一个原子的输入吧？
已经有8人回复
- 【讨论】想学lammps是否应该先学习C++
已经有28人回复
xueyiran2007
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 193.1
- 红花: 1
- 帖子: 110
- 在线: 29.1小时
- 虫号: 2185835
- 注册: 2012-12-14
- 性别: GG
- 专业: 传热传质学
7楼2014-01-13 04:23:43
2楼2014-01-10 17:00:14
茹此无声
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 1438.8
- 红花: 13
- 帖子: 244
- 在线: 65小时
- 虫号: 2065582
- 注册: 2012-10-16
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2014-01-11 00:23:25
xueyiran2007
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 193.1
- 红花: 1
- 帖子: 110
- 在线: 29.1小时
- 虫号: 2185835
- 注册: 2012-12-14
- 性别: GG
- 专业: 传热传质学
4楼2014-01-11 03:40:18
