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xueyiran2007铜虫 (小有名气)
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[求助]
MS生成Lammps的data文件，文件中原子的类型和顺序并不是自己想要的，请问如何修改？ 已有2人参与
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我利用MS建立了水在铁表面的模型，并导出data文件，但发现文件里H, O的原子类型分别有两种，而且H.O的atom ID也不符合Lammps的要求， Lammps要求1个O后面跟2个H，但我的data文件中H,O的atom ID并不是按照这个规律来的，请问大神，这种情况怎么处理啊？万分感激！ 请各位大神帮小弟一把啊 Lammps中的H,O规定如下： the atom IDs for the O and 2 H atoms must be consecutive, with the O atom first. This is to enable LAMMPS to "find" the 2 H atoms associated with each O atom. For example, if the atom ID of an O atom in a TIP4P water molecule is 500, then its 2 H atoms must have IDs 501 and 502. 我的data文件如下， 5437 atoms 3136 bonds 1571 angles 6 dihedrals 0 impropers 5 atom types 3 bond types 2 angle types 1 dihedral types 6.514843568 92.404843568 xlo xhi -0.483828184 5.242171816 ylo yhi 1.713492553 58.973492553 zlo zhi Masses 1 55.847000 2 15.999400 3 15.999400 4 1.007970 5 1.007970 ################################ 问题1：通过Masses可以看到，这里H,O的atom type分别有2种，这是怎么回事？如何修改？ Atoms # full 2290 1 2 -0.820000 68.712000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2291 1 2 -0.820000 70.143500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2292 1 2 -0.820000 71.575000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2293 1 2 -0.820000 73.006500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2294 1 2 -0.820000 74.438000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2295 1 2 -0.820000 75.869500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2296 1 2 -0.820000 77.301000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2297 1 2 -0.820000 78.732500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2298 1 2 -0.820000 80.164000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2299 1 2 -0.820000 81.595500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2300 1 2 -0.820000 83.027000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2301 1 2 -0.820000 84.458500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2302 1 4 0.410000 52.595500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2303 1 4 0.410000 54.075500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2304 1 4 0.410000 55.458500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2305 1 4 0.410000 56.938500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2306 1 4 0.410000 58.321500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2307 1 4 0.410000 59.801500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2308 1 4 0.410000 61.184500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2309 1 4 0.410000 62.664500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2310 1 4 0.410000 64.047500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2311 1 4 0.410000 65.527500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* ################################################### 问题2：这里H,O的排列并不符合lammps的要求，请问各位大神，如何修改H,O的排列顺序？ |
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