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我爱奶茶ing

新虫 (小有名气)

[求助] Autodock 跑一次找100个构象和跑10次每次跑10个构象是一样的吗? 已有3人参与

Autodock是遗传算法,我认为应该是每次采样都是独立的,那么跑一次找100个构象和跑10次每次跑10个构象应该是一样的,对吗?求证
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forpal

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
我爱奶茶ing: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:52:36
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 21:51:39
引用回帖:
4楼: Originally posted by 我爱奶茶ing at 2014-01-10 09:09:48
我说的一样不是说结果完全相同(autodock应该是每次算的结果都不一样吧),是说比如一个体系,用这两种方法来做都是可以的,应该是这样吧?...

个人认为理论上是等效的,因为每一次ga_run都是相互独立的,不会影响下一次计算。
5楼2014-01-10 09:29:50
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smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2014-01-09 19:31:43
本帖内容被屏蔽

2楼2014-01-09 17:58:24
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 21:51:30
不一定一样的,遗传算法顾名思义就是模仿遗传学的突变理论,每一次迭代都是随机产生突变的,“适者生存”,系统产生的构象都是随机产生构象中能量最好的。增大取样数不一定能减小随机性

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-01-09 23:50:42
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我爱奶茶ing

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-01-09 23:50:42
不一定一样的,遗传算法顾名思义就是模仿遗传学的突变理论,每一次迭代都是随机产生突变的,“适者生存”,系统产生的构象都是随机产生构象中能量最好的。增大取样数不一定能减小随机性
...

我说的一样不是说结果完全相同(autodock应该是每次算的结果都不一样吧),是说比如一个体系,用这两种方法来做都是可以的,应该是这样吧?
4楼2014-01-10 09:09:48
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