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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock 跑一次找100个构象和跑10次每次跑10个构象是一样的吗？
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我爱奶茶ing

新虫 (小有名气)

[求助] Autodock 跑一次找100个构象和跑10次每次跑10个构象是一样的吗？ 已有3人参与

Autodock是遗传算法，我认为应该是每次采样都是独立的，那么跑一次找100个构象和跑10次每次跑10个构象应该是一样的，对吗？求证
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1楼 2014-01-09 16:54:28
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2014-01-09 19:31:43
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-09 17:58:24
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:51:30
不一定一样的，遗传算法顾名思义就是模仿遗传学的突变理论，每一次迭代都是随机产生突变的，“适者生存”，系统产生的构象都是随机产生构象中能量最好的。增大取样数不一定能减小随机性

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-01-09 23:50:42
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我爱奶茶ing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-01-09 23:50:42
不一定一样的，遗传算法顾名思义就是模仿遗传学的突变理论，每一次迭代都是随机产生突变的，“适者生存”，系统产生的构象都是随机产生构象中能量最好的。增大取样数不一定能减小随机性
...

我说的一样不是说结果完全相同（autodock应该是每次算的结果都不一样吧），是说比如一个体系，用这两种方法来做都是可以的，应该是这样吧？
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4楼2014-01-10 09:09:48
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forpal

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
我爱奶茶ing: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:52:36
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:51:39
引用回帖:
4楼: Originally posted by 我爱奶茶ing at 2014-01-10 09:09:48
我说的一样不是说结果完全相同（autodock应该是每次算的结果都不一样吧），是说比如一个体系，用这两种方法来做都是可以的，应该是这样吧？...

个人认为理论上是等效的，因为每一次ga_run都是相互独立的，不会影响下一次计算。
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5楼2014-01-10 09:29:50
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tbw258

铜虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:51:58
最优解应该一样的，

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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我来了~~
6楼2014-02-20 11:18:49
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